แนวปะการังแบ่งออกได้เป็น 3 แบบด้วยกัน คือ

1.แนวปะการังนอกฝั่ง (Barrier reef) เป็นแนวปะการังขนาดใหญ่โต มีความกว้างยาวนับเป็นร้อย ๆ ไมล์ เช่น เกรตแบร์ริเออร์รีฟ

2.เกาะปะการัง (Atoll) เกิดขึ้นจากการรวมตัวทับถมกันของปะการังในแนวดิ่งจนกลายสภาพเป็นเกาะ ซึ่งเกาะลักษณะเช่นนี้ จะพบมากในแถบมหาสมุทรแปซิฟิกตอนใต้ และมหาสมุทรอินเดีย เช่น มัลดีฟส์, หมู่เกาะสิมิลัน และเกาะสีปาดัน ของมาเลเซีย เป็นต้น

3.แนวปะการังชายฝั่ง (Fringing reef) เป็นแนวปะการังที่เกิดขึ้นในบริเวณชายฝั่งและหมู่เกาะในเขตน้ำค่อนข้างตื้น

และอาจแบ่งตามลักษณะสภาพแวดล้อมที่แตกต่างกันเป็น 4 รูปแบบด้วยกัน คือ

1.แนวปะการังริมฝั่ง เป็นแนวปะการังที่แท้จริง เพราะเป็นการสะสมตัวจนกลายเป็นแนวปะการัง พบได้ทั่วไปในแหล่งดำน้ำดูปะการังน้ำตื้นตามชายฝั่งและหมู่เกาะต่าง ๆ นับเป็นแนวปะการังชนิดที่ทรงคุณค่าที่สุด เพราะเป็นที่ที่สัตว์ทะเลจะใช้เวลาช่วงหนึ่งของชีวิตเข้ามาอาศัยเติบโตอยู่ในบริเวณนี้ ปะการังชนิดนี้ใน ปัจจุบันจัดเป็นปะการังที่มีความเสียหายมากที่สุด

2.กลุ่มปะการังบนพื้นทราย เป็นกลุ่มปะการังเล็ก ๆ ที่เกิดขึ้นบนพื้นทราย ยังมีการสะสมตัวกันไม่มากนัก ส่วนมากเป็นปะการังสมอง (Faviidae) และปะการังเขากวาง (Acropora spp.)

3.ปะการังบนโขดหิน อยู่ในแนวน้ำลึก พบได้ในแหล่งดำน้ำทั่วไปในของหมู่เกาะสิมิลัน แนวปะการังชนิดนี้เปรียบดังโอเอซิสกลางทะเลทราย จึงเป็นที่รวมตัวของสัตว์ทะเลหลากหลาย โดยเฉพาะฝูงปลาต่าง ๆ ที่แวะเวียนเข้ามาหาอาหารอย่างสม่ำเสมอ

4.แหล่งกัลปังหาและปะการังอ่อน ไม่เชิงเป็นแนวปะการัง มีศักยภาพในการเป็นที่หลบภัยและที่อยู่อาศัยของสัตว์น้ำไม่มากนัก จึงไม่ค่อยมีคุณค่าเท่าใดนักในระบบนิเวศ เพราะชนิดของปะการังแบบนี้ เป็น ปะการังบนโขดหิน, ปะการังอ่อน และกัลปังหา แต่กลับทรงคุณค่าอย่างยิ่งในแง่การท่องเที่ยว เพราะเป็นจุดสนใจอย่างยิ่งของนักดำน้ำและช่างภาพใต้น้ำ