ในปี พ.ศ.2407 ฟรันซิสโก ทรงดำรงตำแหน่งเป็นประธานสภาองคมนตรีแห่งสเปน(Consejo del Reino)

ในปี พ.ศ.2411 ฟรันซิสโก ทรงถูกเนรเทศพร้อมด้วยสมเด็จพระราชินีนาถอิซาเบลที่ 2 พระอัครมเหสี ไปยังฝรั่งเศส และใช้พระนามแฝงว่า เคานต์แห่งโมราตาลา จนวันที่ 25 มิถุนายน พ.ศ.2413 สมเด็จพระราชินีนาถอิซาเบลที่ 2 ทรงสละราชสมบัติ ด้วยพระบรมราชานุเคราะห์ของพระเจ้าอัลฟอนโซที่ 12 พระราชโอรสผู้เถลิงราชสมบัติเป็นพระมหากษัตริย์แห่งสเปนในปี 2417 แต่ในเวลานั้น สมเด็จพระราชาฟรันซิสโก พระราชสวามี ก็ทรงแยกทางกับสมเด็จพระราชินีนาถอิซาเบล และทรงกลายเป็นพระสหายที่ดีต่อกัน

พ.ศ.2424 ได้ทรงเสด็จไปประทับอยู่ที่ปราสาทแห่งเอปิเนซูร์ไซน์ ฝรั่งเศส(Château de Épinay-sur-Seine) เสด็จสวรรคตเมื่อ พ.ศ.2445 โดยมีสมเด็จพระราชินีนาถอิซาเบล อดีตพระอัครมเหสี กับ เจ้าหญิงอีซาเบลและเจ้าหญิงอูลาเลีย พระราชธิดา ทรงประทับอยู่ข้างพระแท่นขณะสวรรคต[1]