บอร์โรมีนีเป็นบุตรของช่างสลักหินชื่อโจวันนี โดเมนีโก กัสเตลลี (Giovanni Domenico Castelli) และอานัสตาเซีย การ์โรโว (Anastasia Garovo) บอร์โรมีนีเริ่มอาชีพเป็นช่างสลักหินตามพ่อ แต่ต่อมาก็ย้ายไปมิลานเพี่อไปเรียนและฝึกงานเพิ่ม บอร์โรมีนีบางทีก็รู้จักกันในชื่อ "บิสโซเน" ซึ่งเรียกตามชื่อหมู่บ้านที่เกิดใกล้เมืองลูกาโน (Lugano) ที่อยู่ในประเทศสวิตเซอร์แลนด์ส่วนที่พูดภาษาอิตาลี เมื่อบอร์โรมีนีย้ายไปทำงานที่โรมเมื่อ ค.ศ. 1619 ก็เปลี่ยนชื่อจากสกุลเดิม "กัสเตลลี" เป็น "บอร์โรมีนี" และเริ่มทำงานกับการ์โล มาแดร์โน (Carlo Maderno) ผู้เป็นญาติห่าง ๆ ที่มหาวิหารเซนต์ปีเตอร์ เมื่อมาแดร์โนสิ้นชีวิตเมื่อ ค.ศ. 1629 บอร์โรมีนีก็เข้าทำงานภายใต้จัน โลเรนโซ แบร์นีนี ขยายและตกแต่งด้านหน้าวังบาร์เบรีนี (Palazzo Barberini) ที่มาแดร์โนเริ่มไว้จนเสร็จ