ในช่วงบั้นปลายชีวิตฟีลีปามีพระพลานามัยที่ไม่ค่อยสู้ดีนัก ทรงสิ้นพระชนม์ที่ปราสาทวินด์เซอร์ในวันที่ 15 สิงหาคม ค.ศ. 1369 ด้วยโรคบวมน้ำที่สร้างปัญหาให้พระองค์มาเป็นเวลา 12 ปี ทรงมีพระชนมายุ 55 พรรษาและอายุยืนกว่าพระโอรสธิดาเจ็ดคน นักพงศาวดารคนหนึ่งเล่าว่าฟีลีปาได้สิ้นพระชนม์ในอ้อมแขนของพระสวามีกับธอมัส บุตรคนสุดท้องวัย 14 พรรษา ร่างของพระองค์ถูกฝังที่เวสต์มินสเตอร์แอบบีย์ในหลุมฝังศพที่มีรูปแกะสลักหินอะลาบัสเตอร์ พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 3 พระสวามีของพระองค์สิ้นพระชนม์หลังพระองค์ในอีกแปดปีต่อมา ร่างของกษัตริย์ถูกฝังเคียงข้างพระมเหสีผู้ล่วงลับ ผู้สืบทอดตำแหน่งต่อจากพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 3 คือพระเจ้าริชาร์ดที่ 2 พระนัดดาชายวัย 10 พรรษาซึ่งเป็นบุตรชายคนโตของเอ็ดเวิร์ดเจ้าชายดำ พระโอรสคนโตที่สิ้นพระชนม์ก่อนพระบิดา