จุดประสงค์ของการแข่งขันฟุตบอลรายการนี้คือการหา "ทีมที่ดีที่สุดในญี่ปุ่น" ในปัจจุบัน ทีมที่สังกัดสมาคมฟุตบอลญี่ปุ่นทั้งจาก เจลีก ดิวิชัน 1 เจลีก ดิวิชัน 2 เจลีก ดิวิชัน 3 ทีมท้องถิ่น ทีมมหาวิทยาลัย ทีมโรงเรียนมัธยมปลายจากทั่วประเทศ สามารถเข้าร่วมการแข่งขันได้ จัดว่าเป็นถ้วยรางวัลระดับประเทศอันทรงเกียรติ ผู้ชนะเลิศจะได้รับสิทธิ์เข้าแข่งขันเอเอฟซีแชมเปียนส์ลีกในฤดูกาลต่อไป

นับตั้งแต่ก่อตั้งเจลีกในปี 1992 สโมสรฟุตบอลอาชีพเริ่มโดดเด่นในรายการนี้ ถ้วยพระจักรพรรดิทำการแข่งขันแบบแพ้คัดออก จึงเป็นโอกาสที่ทีมสมัครเล่นจะเขี่ยทีมใหญ่ตกรอบและกำเนิดดาวดังขึ้นในวงการฟุตบอล โดยหนึ่งในเหตุการณ์ที่เป็นที่รู้จักกันคือเมื่อคราวที่โรงเรียนมัธยมปลายเขตฟุนาบาชิสามารถล้มแชมป์เจลีกปี 2003 โยโกฮามะ เอฟ มารินอสได้ในฤดูกาล 2003-04 ด้วยการยิงจุดโทษ[1] ทั้งนี้ ทีมนอกลีกทีมสุดท้ายที่เคยได้แชมป์คือทีมมหาวิทยาลัยวาเซดะที่คว้าถ้วยพระจักรพรรดิได้ในปี 1966

ในช่วงปี 1969 ถึงปี 2014 นัดชิงชนะเลิศถ้วยพระจักรพรรดิจะจัดขึ้นในวันขึ้นปีใหม่ของปีต่อมาที่สนามกีฬาโอลิมปิก ตามธรรมเนียมถือว่าเป็นแมตช์ปิดฤดูกาล

รูปแบบ

การแข่งขันเป็นแบบแพ้คัดออก โดยทีมที่เข้าร่วมการแข่งขันคือทีมจากเจลีก ดิวิชัน 1 เจลีก ดิวิชัน 2 แชมป์ภูมิภาค 47 ทีม (ประกอบไปด้วยทีมสมัครเล่น ตั้งแต่ทีม เจลีก ดิวิชัน 3 ไปจนถึงทีมโรงเรียน) และ 1 ทีมที่ฝ่ายจัดการแข่งขันคัดเลือกมาจากทีมสมัครเล่น (มักจะเป็นทีมแชมป์มหาวิทยาลัย)

ทีมจาก เจลีก ดิวิชัน 1 และ เจลีก ดิวิชัน 2 จะได้รับสิทธิ์ผ่านเข้าไปเล่นรอบต่อไปเลย โดยในอดีต ทีมจาก เจลีก ดิวิชัน 1 และแชมป์ของ เจลีก ดิวิชัน 2 จะได้รับสิทธิ์ 1 "บาย" ส่วนทีมที่เข้าร่วมการแข่งขันเอเอฟซีแชมเปียนส์ลีกจะได้รับ 3 "บาย" แต่นับตั้งแต่ปี 2017 ทุกทีมจาก เจลีก ดิวิชัน 1 และ เจลีก ดิวิชัน 2 จะได้รับสิทธิ์ 1 "บาย" เท่ากัน

ทั้งนี้ ก่อนปี 2008 นั้น มี 48 ทีมที่เข้าร่วม 2 รอบแรก คือแชมป์ภูมิภาค 47 ทีม กับแชมป์มหาวิทยาลัยอีก 1 ทีม จากนั้น ทีมจากลีก JFL (ลีกสาม) และจาก 13 ทีมในเจลีก ดิวิชัน 2 จะเข้าร่วมในรอบที่ 3 และสุดท้าย ทีมจากเจลีก ดิวิชัน 1 จะเข้าร่วมในรอบที่ 4 ทำให้มีทั้งหมด 80 ทีมที่เข้าร่วมการแข่งขัน