สมาคมฟุตบอลยิบรอลตาร์ (GFA) ได้ยื่นเรื่องขอเข้าเป็นสมาชิกยูฟ่า เป็นครั้งแรกในปี 1999 แต่ไม่ได้รับการอนุมัติ เนื่องจากได้รับการคัดค้านจากประเทศสเปน โดยข้อคัดค้านของสเปนนั้นนอกจากจะอ้างกรรมสิทธิ์ในดินแดนยิบรอลตาร์ที่ยังเป็นข้อพิพาทกับสหราชอาณาจักรแล้ว ยังยกเหตุผลว่าการอนุมัติให้ยิบรอลตาร์เข้าเป็นสมาชิกของยูฟ่านั้น จะเป็นการส่งเสริมให้ดินแดนอื่นที่อยู่ในความปกครองของสเปนอย่างแคว้นกาตาลุญญาและแคว้นบาสก์ ใช้เป็นบรรทัดฐานในการขอเข้าร่วมเป็นสมาชิกของยูฟ่าเช่นกัน และอาจส่งผลให้เกิดการแยกตัวออกมาจากสเปน

อย่างไรก็ตามการลงคะแนนเสียงมีขึ้นอีกครั้งในปี 2007 โดยสมาคมฟุตบอลสเปนได้มีการออกมากดดันว่าหากสมาคมฟุตบอลของยิบรอลตาร์ได้เข้าร่วมเป็นสมาชิกของยูฟ่า สมาคมฟุตบอลสเปนจะขอถอนทีมออกจากการแข่งขันในทุกรายการของยูฟ่าเพื่อเป็นการประท้วง ท่ามกลางการกดดันจากทางสเปน มีชาติสมาชิกเพียง 3 ชาติเท่านั้นที่โหวตให้การสนับสนุนยิบรอลตาร์ คืออังกฤษ ,สก็อตแลนด์ และเวลส์ ซึ่งทั้งหมดต่างก็เป็นชาติที่อยู่ในสหราชอาณาจักร ที่ปกครองยิบรอลตาร์เอง

ต่อมายูฟ่าได้ออกกฏว่าชาติใดที่จะขอเข้าร่วมเป็นสมาชิกได้ต้องเป็นรัฐเอกราชที่ได้รับการยอมรับจากสหประชาชาติเท่านั้น ทำให้สมาคมฟุตบอลยิบรอลตาร์ ยื่นเรื่องฟ้องร้องต่อศาลอนุญาโตตุลาการกีฬา หรือ ศาลกีฬาโลก โดยศาลได้ตัดสินว่ากฏเรื่องรัฐเอกราชที่ยูฟ่าออกมานั้น ไม่สามารถใช้บังคับกับสมาคมฟุตบอลยิบรอลตาร์ได้ เพราะไม่ใช่กฏที่มีอยู่ในขณะที่ยิบรอลตาร์ขอเข้าร่วมเป็นสมาชิก แต่เป็นการออกกฏขึ้นใหม่ภายหลังจากที่ยิบรอลตาร์ได้ยื่นเรื่องขอเข้าเป็นสมาชิกแล้ว ยูฟ่าจึงมิอาจใช้หลักรัฐเอกราชในการปฏิเสธความเป็นชาติสมาชิกของดินแดนยิบรอลตาร์ได้

ในเดือนพฤษภาคม ปี 2013 สมาคมฟุตบอลยิบรอลตาร์ได้เป็นสมาชิกของยูฟ่าอย่างเป็นทางการจากการโหวตของบรรดาสมาชิก ที่จัดขึ้นในลอนดอน โดยมีเพียงสเปนและเบลารุส ที่โหวตไม่สนับสนุน