ในคริสต์ทศวรรษ 1990 ลิทัวเนียได้เข้าร่วมแข่งขันในรอบคัดเลือกของฟุตบอลโลกและฟุตบอลชิงแชมป์แห่งชาติยุโรป โดยจบอันดับที่ 3 ของกลุ่มในรอบคัดเลือกของฟุตบอลชิงแชมป์แห่งชาติยุโรป 1996 และฟุตบอลโลก 1998 ต่อมาในรอบคัดเลือกฟุตบอลชิงแชมป์แห่งชาติยุโรป 2004 ลิทัวเนียทำผลงานได้ดีด้วยการบุกไปเสมอเยอรมนี และเปิดบ้านเอาชนะสกอตแลนด์ แต่ในนัดสุดท้าย ลิทัวเนียไปแพ้สกอตแลนด์ 1–0 ทำให้ต้องตกรอบ และในรอบคัดเลือกฟุตบอลโลก 2006 ลิทัวเนียจบอันดับที่ 5 ของกลุ่ม

รอบคัดเลือกฟุตบอลชิงแชมป์แห่งชาติยุโรป 2008 ลิทัวเนียบุกไปเสมออดีตแชมป์ฟุตบอลโลกอย่างอิตาลีที่เนเปิลส์ 1–1 ในวันที่ 2 กันยายน ค.ศ. 2006 ซึ่งเป็นการแข่งขันนัดแรกของอิตาลีหลังคว้าแชมป์ฟุตบอลโลก

วันที่ 6 กันยายน ค.ศ. 2008 ลิทัวเนียเอาชนะโรมาเนีย 3–0 ในรอบคัดเลือกของฟุตบอลโลก 2010 นับเป็นชัยชนะแห่งประวัติศาสตร์[3] ต่อมาพวกเขาสามารถเอาขนะออสเตรียได้ 2–0