บริษัทฟุตบอลลีกภูมิภาคจดทะเบียนก่อตั้งต่อ การกีฬาแห่งประเทศไทย ตามพระราชบัญญัติการกีฬาแห่งประเทศไทย พ.ศ. 2558 เมื่อวันที่ 12 ตุลาคม 2558 โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อทำหน้าที่บริหารและดูแลสิทธิประโยชน์รวมถึงลิขสิทธิ์การถ่ายทอดสดของฟุตบอล ลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2

ต่อมาในวันที่ 16 กุมภาพันธ์ 2559 สมาคมกีฬาฟุตบอลชุดใหม่ได้ทำการจดทะเบียนบริษัทใหม่ขึ้นมาทำหน้าที่แทนบริษัทฟุตบอลลีกภูมิภาคในนาม บริิษัท ลีกภูมิภาคดิวิชั่น 2 จำกัด พร้อมกับทำการย้ายที่ทำการบริษัท