ฟุตบอลเริ่มมีการเล่นในญี่ปุ่นในยุคเมจิเช่นเดียวกับกีฬาประเภทอื่นที่มีการแนะนำโดยชาวต่างชาติ มีการเล่นทั่วไปในมหาวิทยาลัยและโรงเรียน ในปี พ.ศ. 2464 สมาคมฟุตบอลญี่ปุ่นได้ก่อตั้งขึ้นและต่อมาได้เข้าร่วมเป็นสมาชิกฟีฟ่าในปี พ.ศ. 2472 และเอเอฟซีในปี พ.ศ. 2497

ในปี พ.ศ. 2536 เจลีก ลีกฟุตบอลอาชีพของญี่ปุ่นได้ก่อตั้งขึ้นแทนที่ลีกฟุตบอลสมัครเล่นเดิมคือ เจแปนซอกเกอร์ลีก ซึ่งทำให้เริ่มมีกระแสการนิยมฟุตบอลมากขึ้นในญี่ปุ่น

ในปี พ.ศ. 2541 ญี่ปุ่นได้ร่วมการแข่งขันฟุตบอลโลกครั้งแรกใน ฟุตบอลโลก 1998 ที่ถูกจัดขึ้นที่ประเทศฝรั่งเศส และต่อมาในปี พ.ศ. 2545 ญี่ปุ่นได้เป็นเจ้าภาพร่วมจัดการแข่งขัน ฟุตบอลโลก 2002 ร่วมกับประเทศเกาหลีใต้