อาหารเป็นพิษมักเกิดจากการจัดการ การเตรียม หรือการเก็บรักษาอาหารที่ไม่เหมาะสม การปฏิบัติที่ถูกสุขลักษณะทั้งก่อน ระหว่างและหลังการเตรียมอาหารสามารถลดโอกาสการติดต่อกับโรคได้ มีการเห็นพ้องต้องกันในชุมชนสาธารณสุขว่า การล้างมือเป็นประจำเป็นหนึ่งในการป้องกันที่ทรงประสิทธิภาพที่สุดต่อการระบาดของภาวะอาหารเป็นพิษ ภาวะอาหารเป็นพิษยังสามารถเกิดขึ้นจากชีวพิษหลากหลายชนิดที่กระทบต่อสิ่งแวดล้อม ยาฆ่าแมลง หรือยาในอาหารและสสารชีวพิษตามธรรมชาติ เช่น เห็ดพิษหรือปลาตามแนวปะการัง