ภาษาอาเซอร์ไบจานเหนือในอาเซอร์ไบจานจะใช้อักษรละตินเป็นอักษรทางการ และยังคงใช้อักษรซีริลลิกในการเขียนอยู่บ้าง ส่วนภาษาอาเซอร์ไบจานใต้ในอิหร่านจะใช้อักษรอาหรับเหมือนภาษาเปอร์เซีย

ในอดีตภาษาอาเซอร์ไบจานจะใช้อักษรอาหรับเพียงอย่างเดียวเท่านั้น จนเมื่อปี ค.ศ. 1929 จึงได้เริ่มใช้อักษรละตินในการบันทึกภาษาอาเซอร์ไบจานเหนือ(ซึ่งแตกต่างกับรูปแบบที่ใช้ในปัจจุบัน) และเปลี่ยนมาใช้อักษรซีริลลิกระหว่างปี ค.ศ. 1938 - 1991 และได้กลับมาใช้อักษรละตินอีกครั้งจนถึงปัจจุบัน ส่วนภาษาอาเซอร์ไบจานใต้นั้นยังคงใช้อักษรอาหรับในการบันทึกมาโดยตลอดจนถึงปัจจุบัน