ดร.ภิญโญ นิโรจน์ ได้รับเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร จังหวัดนครสวรรค์ ตั้งแต่การเลือกตั้ง พ.ศ. 2535 ได้รับแต่งตั้งเป็นผู้ช่วยเลขานุการรัฐมนตรีว่าการกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ในปี พ.ศ. 2538 ต่อมาได้ดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีประจำสำนักนายกรัฐมนตรี ในรัฐบาลของนายชวน หลีกภัย

ในการเลือกตั้ง พ.ศ. 2554 ดร.ภิญโญ นิโรจน์ ได้ลงสมัครรับเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร จังหวัดนครสวรรค์ เขต 1 สังกัดพรรคชาติพัฒนาเพื่อแผ่นดิน แต่ไม่ได้รับเลือกตั้ง โดยแพ้ให้กับนายสงกรานต์ จิตสุทธิภากร ผู้สมัครจากพรรคประชาธิปัตย์[3]

พ.ศ.2562 ดร.ภิญโญ ได้ย้ายสังกัดยังพรรคพลังประชารัฐ และลงสมัครรับเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดนครสวรรค์ และได้รับการเลือกตั้งอีกสมัยหนึ่ง