ภูมิอากาศในกัมพูชาเป็นเช่นเดียวกับประเทศอื่นๆในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ที่เป็นเขตร้อนชื้น มีฤดูฝนและฤดูแล้ง ในฤดูฝนจะมีมรสุมตะวันตกเฉียงใต้ พัดมาจากมหาสมุทรอินเดียพาฝนมาตก และในฤดูแล้งจะมีมรสุมพัดในทิศทางตรงกันข้าม ที่นำอากาศแห้งแล้งมาให้ ลักษณะอากาศในทะเลสาบเขมรอุณหภูมิสูงสุด-ต่ำสุดโดยเฉลี่ยอยู่ระหว่าง 25- 28°C ในฤดูร้อนอาจสูงถึง 38 °C ได้ ค่าเฉลี่ยปริมาณน้ำฝนทั้งปีอยู่ระหว่าง 1,000 - 1,500 มิลลิเมตร ฝนตกหนักมากทางตะวันออกเฉียงใต้และตามแนวเทือกเขาทางตะวันตกเฉียงใต้ ค่าความชื้นเฉลี่ยทั้งปีค่อนข้างสูง