มณีรัตน์ คำอ้วน มีชื่อเล่นว่า เอ๋ เกิดเมื่อวันที่ 11 พฤศจิกายน พ.ศ. 2528 เกิดที่จังหวัดสกลนคร เป็นบุตรของโมฮัมเหม็ด ฮุสเซน[2] บิดาชาวบังกลาเทศ[3] กับพยอมศรี ฮุสเซน มารดาชาวไทย[4] เดิมครอบครัวมีฐานะยากจนในจังหวัดร้อยเอ็ด[3] เธอมีพี่สาวหนึ่งคนเกิดในบังกลาเทศชื่อ นฤดี คำอ้วน[2] ซึ่งแยกย้ายกันหลังจากบิดาเสียชีวิต ปัจจุบันเป็นพนักงานต้อนรับบนเครื่องบินของสายการบินแห่งหนึ่ง[3]

มณีรัตน์สำเร็จการศึกษาระดับมัธยมศึกษาที่โรงเรียนขอนแก่นวิทยายน และปริญญาตรี คณะมนุษยศาสตร์ สาขาสื่อสารมวลชน มหาวิทยาลัยรามคำแหง[4]

ช่วงวัยเด็ก มณีรัตน์และพี่สาวจะช่วยมารดาทำและขายโรตีบนรถเข็น เมื่อมีฐานะขึ้นบิดาจึงทำอาชีพรับเหมาตามต่างจังหวัด แต่ทุกอย่างจึงเปลี่ยนแปลงเมื่อบิดาเสียชีวิต มารดาต้องกลายมาเป็นเสาหลักของครอบครัวแทน เธอจึงต้องกลับมาช่วยมารดาขายโรตีอีกครั้ง[3] ต่อมาเมื่อมารดามีปัญหาด้านสุขภาพ มณีรัตน์จึงออกหางานทำ เบื้องต้นเธอทำงานเป็นพนักงานขายของตามบ้าน, แคชเชียร์ และนักแสดงประกอบ ซึ่งจากการเป็นนักแสดงประกอบนี้เอง ทำให้เธอได้เรียนรู้และมีประสบการณ์เกี่ยวกับการแสดง ซึ่งภายหลังเธอแคสต์ได้ภาพยนตร์เรื่อง เพื่อนสนิท[3] และได้รับบทเป็น นุ้ย

แม้มณีรัตน์จะเป็นลูกครึ่งที่มีบิดาเป็นชาวบังกลาเทศ แต่เธอเองกลับคิดว่าเธอแทบไม่มีความเป็นบังกลาเทศหลงเหลืออยู่เลย[3] "คุณพ่ออยู่ที่นี่ตั้งแต่เด็กและไม่เคยกลับบ้านเลยตั้งแต่หนูจำความได้ คุณพ่อใช้ชีวิตแบบไทยๆ ความเป็นลูกครึ่งในตัวหนูเลยไม่ค่อยมีค่ะ ส่วนเรื่องวัฒนธรรม คุณพ่ออาจจะมีหวง มีข้อบังคับเป็นกฎเกณฑ์ของที่บ้านบ้าง หลัก ๆ ที่ได้รับมาน่าจะเป็นเรื่องอาหารการกิน พ่อชอบกินแกงขมิ้นรสจัด แต่ความเป็นอยู่ก็เป็นแบบไทย ๆ เลยค่ะ"[3] และครอบครัวของเธอนับถือศาสนาอิสลาม[5]