มนัสเคยมีภรรยาคือ นางพจนีย์ บุญจำนงค์ (เกตุสวัสดิ์) และมีบุตรด้วยกัน 3 คน ภายหลังจากได้เหรียญทองโอลิมปิก 2004 มนัสได้มีปัญหากับภรรยา และแยกทางกันเมื่อเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2549 หลังจากแยกทางกับนางพจนีย์แล้ว ในวันที่ 24 สิงหาคม พ.ศ. 2551 นางพจนีย์ก็ได้ให้กำเนิดบุตรชายเพิ่มอีก 1 คน ซึ่งมนัส ยอมรับกับผู้สื่อข่าวว่า บุตรที่เกิดมาภายหลังนี้เป็นบุตรที่เกิดจากตนเช่นกัน จากการที่มักมีปัญหาเรื่องผู้หญิงและครอบครัวแบบนี้ซึ่งส่งผลกระทบถึงการชกมวย จึงทำให้สื่อมวลชนให้ฉายามนัสว่า "เพลย์บอยกลับใจ" [13] ในวันที่ 25 พฤศจิกายน พ.ศ. 2551 ทางกระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬาได้มีการอนุมัติให้มนัสเข้าบรรจุเป็นข้าราชการตำรวจเนื่องจากสร้างชื่อเสียงให้แก่ประเทศชาติ โดยจะให้ได้รับยศตามวุฒิการศึกษา[14]

นอกจากนี้แล้ว ในทางการเมือง ในการเลือกตั้งวันที่ 3 กรกฎาคม พ.ศ. 2554 มนัสได้เข้าสมัครเป็นสมาชิกพรรคชาติไทยพัฒนา พร้อมกับเพื่อนนักมวยอีก 3 คือ เขาทราย แกแล็คซี่, สมรักษ์ คำสิงห์ และเจริญทอง เกียรติบ้านช่อง โดยมนัสได้รับการจัดรายชื่อในบัญชีรายชื่อ ลำดับที่ 18[15][16] แต่ไม่ได้รับการเลือกตั้ง[17]

ปัจจุบัน มนัสได้คบหากับแฟนคนปัจจุบัน คือ พิชยาภา พูนิสสัน (ชื่อเล่น: ปัด) หญิงชาวอำเภอบ้านหมี่ จังหวัดลพบุรี ทั้งคู่ร่วมกันทำธุรกิจด้วยกันด้วยการจำหน่ายขนมประเภทซีเรียลใช้ชื่อว่า "มิกซ์ซีเรียล ตราแชมเปี้ยน By มนัส บุญจำนงค์" ผ่านทางเฟซบุกและตามงานจัดเลี้ยงต่าง ๆ นอกจากนี้แล้วมนัสยังมีธุรกิจเดินรถโดยสารวิ่งระหว่างจังหวัดราชบุรี-กรุงเทพมหานคร จำนวน 2 คัน และโต๊ะสนุกเกอร์อีกด้วย โดยให้น้องชายและพ่อเป็นผู้ดูแล อีกทั้งยังได้รับเงินจำนวนกว่า 100,000 บาทต่อเดือน จากทั้งการกีฬาแห่งประเทศไทย (กกท.), คณะกรรมการโอลิมปิกแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ และบริษัท โอสถสภา จำกัด ในฐานะที่เคยสร้างชื่อเสียงให้กับประเทศมาก่อน จนกระทั่งอายุ 60 ปี [18]