มลพิษทางน้ำเป็นปัญหาทางน้ำมีสาเหตุสำคัญมาจากการน้ำทิ้งจากโรงงานอุตสาหกรรม ซึ่งเป็นน้ำเสียจากขั้นตอนและกระบวนการผลิต การล้าง ขบวนการ หล่อเย็น เป็นต้น แม้ว่าจะมีกฎหมายบังคับให้โรงงานอุตสาหกรรมต้องบำบัดน้ำทิ้งเหล่านี้ก่อนปล่อยออกสู่แหล่งน้ำธรรมชาติก็ แต่ในทางปฏิบัติรัฐบาลไม่สามารถควบคุมได้อย่างทั่วถึง การก่อสร้างอาคารบ้านเรือนและชุมชน โดยเฉพาะในชุมชนเขตเมืองเช่น กรุงเทพมหานคร ที่มีประชากรอาศัยอยู่หนาแน่นทุกครัวเรือนปล่อยน้ำทิ้งสู่แหล่งน้ำธรรมชาติโดยตรง มิได้ผ่านขบวนการกำจัดใดๆนอกจากนี้ ยังมีการทิ้งขยะมูลฝอยและสิ่งปฏิกูลต่างๆ ลงสู่แม่น้ำลำคลองอันเป็นการเพิ่มความสกปรกให้กับแหล่งน้ำต่างๆ อีกด้วย รวมทั้งการเพาะปลูกและเลี้ยงสัตว์ ในกระบวนการเพาะปลูกมักมีการใช้ปุ๋ยและสารเคมีป้องกัน กำจัดศัตรูพืชและสัตว์ซึ่งเกษตรกรส่วนใหญ่ใช้อย่างขาดความระมัดระวัง ทำให้สารเคมีแพร่กระจายสู่แหล่งน้ำซึ่งอาจเกิดขึ้นได้ในระหว่างการฉีดพ่นสาร การชะล้างโดยฝน การล้างภาชนะที่บรรจุหรืออุปกรณ์การฉีดพ่นในแหล่งน้ำ วิธีการแก้ไขปัญหา ไม่ทิ้งขยะ ลดการใช้พลาสติกให้น้อยลง เป็นต้น