งานราชพฤกษ์ 2549 แบ่งพื้นที่จัดแสดง เป็น 5 ส่วนคือ สวนเฉลิมพระเกียรติประเภทองค์กร (Corporate Garden) , สวนนานาชาติเฉลิมพระเกียรติ (International Garden) ส่วนจัดแสดงพันธุ์ไม้เขตร้อนชื้น (Tropical Garden) ส่วนจัดแสดงนิทรรศการในอาคาร (Indoor Exhibition) และส่วนจัดแสดงเฉลิมพระเกียรติหอคำหลวง (Royal Pavilion) ภายใต้แนวคิด "เพื่อนำความรักสู่มนุษยชาติ" (to Express the Love for Humanity") นอกจากนี้ยังเป็นส่วนการแสดงประกอบย่อยๆ แบ่งเป็นส่วนต่างๆ อีกดังนี้

• อาคารหอคำหลวง เป็นส่วนเทิดพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ในฐานะพระมหากษัตริย์นักการเกษตรของโลก
• สวนไม้ผลไทยและอาคารแสดงนิทรรศการผลไม้
• สวนรวบรวมพันธุ์ไม้เขตร้อนชื้นโดยจัดแบ่งกลุ่มการแสดงตามคุณลักษณะ
• สวนนิทรรศการเกี่ยวกับยางพารา
• อาคารแสดงพันธุ์ไม้เขตร้อน
• อาคารแสดงพันธุ์ไม้เขตหนาว
• อาคารแสดงการปลูกพืชไม่ใช้ดิน
• อาคารแสดงเทคโนโลยีการเพาะเนื้อเยื้อ
• ลานและเวทีการแสดงกลางแจ้ง
• อาคารแสดงโลกแมลง
• สนามเด็กเล่น

กิจกรรมในงานมีความหลากหลาย เช่น การละเล่นพื้นบ้าน การแสดงวัฒนธรรมนานาชาติ ดนตรีในสวน ขบวนพาเรด งานแสดงน้ำพุดนตรี การสัมมนาทางวิชาการ การบริการต่างๆ ได้แก่ ศูนย์อาหาร การสื่อสาร การพยาบาล การท่องเที่ยว เป็นต้น

• หอคำหลวง สถาปัตยกรรมล้านนาไทย
• สวนนานาชาติจากประเทศฮอลแลนด์
• ภาพเขียนเกี่ยวกับพระราชกรณียกิจ ภายในหอคำหลวง
• ประติมากรรมรูปร่มด้านหน้าทางเข้า
• สวนองค์กรแสดง "แนวพระราชดำริทฤษฎีใหม่" ของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว
• การแสดงน้ำพุดนตรี
• การแสดงน้ำพุดนตรี เกี่ยวกับสมเด็จย่าและพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว
• กิจกรรมพาเหรด