เครื่องหมายของมหาวิทยาลัย

เป็นรูปพระปรางค์วัดอรุณซึ่งมีสีทองประดิษฐานอยู่กึ่งกลางสะพานข้ามแม่น้ำเจ้าพระยาที่มีสีเขียวเหนือสายน้ำสีฟ้า โดยรวมอยู่ภายในวงรีสีเงินซึ่งล้อมด้วยวงรีใหญ่สีแดงขอบทอง และภายในพื้นที่วงรีสีแดงนั้นมีชื่อมหาวิทยาลัยกรุงเทพธนบุรีเป็นภาษาไทยสีทองอยู่ด้านบน ซึ่งมีหนังสือและปากกาและอักษรย่อคั่นกลางระหว่างชื่อภาษาอังกฤษสีทองที่อยู่ด้านล่าง

• พระปรางค์วัดอรุณสีทอง หมายถึง คุณธรรมอันล้ำเลิศสูงส่ง ซึ่งครูอาจารย์จะต้องอบรมสั่งสอนให้สถิตอยู่ในจิตใจนักศึกษา และรวมไปถึงความสุข สงบ อันเป็นบ่อเกิดแห่งปัญญา
• สะพานข้ามแม่น้ำเจ้าพระยาสีเขียว หมายถึง การเชื่อมโยงกันระหว่าง กรุงเทพมหานครเมืองหลวงของประเทศและกรุงธนบุรีเมืองหลวงในอดีต เป็นเสมือนสัญลักษณ์ของการเชื่อมโยงภูมิความรู้จากอดีตถึงปัจจุบัน จากภูมิปัญญาชาวบ้านถึงเทคโนโลยี เพื่อรับใช้สังคมปัจจุบันและอนาคต โดยเชื่อมผ่านแม่น้ำเจ้าพระยาซึ่งเป็นเส้นเลือดใหญ่ของชาวกรุงเทพมหานคร
• สายน้ำสีฟ้า หมายถึง ความรู้ที่ต้องแสวงหาอย่างไม่หยุดนิ่ง
• หนังสือและปากกา หมายถึง ความรู้คู่ปัญญา
• BTU หมายถึง ตัวอักษรย่อมหาวิทยาลัยกรุงเทพธนบุรีภาษาอังกฤษ

เครื่องหมายของมหาวิทยาลัย

████ สีแดง สีทอง
██ สีแดง หมายถึง ความรัก ความสามัคคี เสียสละ มานะอดทน ฟันฝ่าอุปสรรค สู่ความสำเร็จ
██ สีทอง หมายถึง ความเจริญรุ่งเรือง ความมั่งคั่งร่ำรวย และความมั่นคงในอาชีพการงานทั้งปัจจุบันและอนาคต