มหาวิทยาลัยธนบุรี ยกฐานะขึ้นมาจาก วิทยาลัยเทคโนโลยีธนบุรี ซึ่งก่อตั้งเมื่อวันที่ 27 มีนาคม พ.ศ. 2541[1] ต่อมาได้เปลี่ยนชื่อและเปลี่ยนประเภทเป็นมหาวิทยาลัยในปี พ.ศ. 2550[2] ตั้งอยู่ที่248 ซอยเพชรเกษม 110 ถนนเพชรเกษม แขวงหนองค้างพลู เขตหนองแขม กรุงเทพมหานคร ปัจจุบัน นายอุดม เฟื่องฟุ้ง เป็นนายกสภามหาวิทยาลัย และ ดร.บัญชา เกิดมณี เป็นอธิการบดี

หลังจากแผนพัฒนาประเทศฉบับที่ 1 ที่เรียกว่า "แผนพัฒนาเศรษฐกิจแห่งชาติ" ซึ่งเน้นพัฒนาให้คนมีงานทำและการคมนาคมสะดวก และแผนพัฒนาประเทศฉบับที่ 2 ที่เรียกว่า "แผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ" เริ่มเป็นที่ยอมรับกันว่าการพัฒนาใดๆ จะสำเร็จได้ต้องมีการพัฒนาคนให้มีคุณภาพก่อน และปัจจัยที่ช่วยให้คนมีคุณภาพก็คือการศึกษา สถาบันการศึกษาในระยะนั้นมีบทบาทสำคัญในการผลิตคนเข้าสู่ตลาดแรงงาน โดยเน้นด้านอุตสาหกรรมและพาณิชย์กรรม

ท่านอาจารย์ศุภชัย แย้มชุติ เป็นผู้หนึ่งที่อยู่ในแวดวงการศึกษาด้านอาชีวศึกษาและได้เล็งเห็นความสำคัญในการผลิตกำลังคนเพื่อการพัฒนาประเทศในด้านอุตสาหกรรม จึงเกิดแรงบันดาลใจที่จะสร้างโรงเรียนช่างกลโรงเรียนราษฎร์ขึ้น เนื่องจากขณะนั้นมีโรงเรียนช่างกลรัฐบาลเพียง 4 โรง ซึ่งผลิตช่างอุตสาหกรรมออกไปพัฒนาประเทศได้ไม่เพียงพอ ท่านอาจารย์ศุภชัยจึงได้ปรึกษาท่านอาจารย์สิทธิผล พลาชีวิน ผู้บริหารโรงเรียนช่างกลของรัฐบาลเพื่อจะเปิดโรงเรียนช่างกลโรงเรียนราษฎร์ขึ้น และในที่สุด โรงเรียนช่างอุตสาหกรรมพณิชยการ "หมู่บ้านครู" จึงก่อกำเนิดขึ้นในปี พ.ศ. 2512 โดยเปิดสอนในระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย สายอาชีพ ในสาขาช่างกล ช่างก่อสร้าง และพณิชยการ จากนั้นโรงเรียนได้เปิดสาขาช่างสำรวจเพิ่มขึ้นในปีพ.ศ 2513 และสาขาเกษตรกรรมในปี พ.ศ. 2518

จนกระทั่งปี พ.ศ. 2522 โรงเรียนช่างกลอุตสาหกรรมพณิชยการ "หมู่บ้านครู" ได้เปลี่ยนชื่อเป็น โรงเรียนเทคโนโลยีหมู่บ้านครู หรือ (วิทยาลัยเทคโนโลยีหมู่บ้านครู) ในปัจจุบัน เพื่อให้สอดคล้องกับสถานการณ์ที่เปลี่ยนแปลงไปและในปีพ.ศ 2522 ได้เปิดสอนระดับประกาศนียบัตรวิชาชีพชั้นสูง ซึ่งเป็นโรงเรียนราษฎร์กลุ่มแรกในไม่กี่โรงเรียนที่ทางการอนุญาตให้เปิดได้ โดยมีการเรียนการสอนในสาขาช่างยนต์ ช่างสำรวจ และช่างไฟฟ้า จนในปีต่อๆมาเปิดแผนกช่างก่อสร้าง เทคนิคอุตสาหกรรมและอิเล็กทรอนิกส์

ต่อมาจากความมุ่งมั่นของอาจารย์ศุภชัย แย้มชุติ ที่จะให้นักเรียนช่างกลเรียนจบปริญญาตรีให้ได้จึงได้เตรียมการเปิดหลักสูตรปริญญาตรี แต่ท่านอาจารย์ศุภชัย แย้มชุติ ได้ถึงแก่กรรมเสียก่อน แผนการขยายการศึกษาจึงได้ชะงักไป จวบจนกระทั่งทายาทของท่านได้มาสานต่อเจตนารมย์ และได้เสนอขอจัดตั้งเป็นสถาบันอุดมศึกษาเอกชนตามพระราชบัญญัติสถาบันอุดมศึกษาเอกชน พ.ศ. 2522 จนในที่สุดก็ได้รับใบอนุญาตในการจัดตั้งสถาบันอุดมศึกษาเอกชนในปี พ.ศ. 2541 โดยใช้ชื่อ วิทยาลัยเทคโนโลยีธนบุรี และได้รับการเปลี่ยนชื่อและประเภทเป็นมหาวิทยาลัย ในปี พศ. 2550 โดยใช้ชื่อว่า มหาวิทยาลัยธนบุรี จวบจนปัจจุบัน