มหาวิทยาลัยนครพนม เป็น 1 ใน 2 มหาวิทยาลัยที่เกิดจากการรวมหลายสถาบันการศึกษาเข้าด้วยกันคือ มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ และ มหาวิทยาลัยนครพนม โดยมหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์เพิ่มสาขาด้าน “การแพทย์” ขณะที่มหาวิทยาลัยนครพนมเพิ่มสาขาทางด้าน “การบิน”

ในการจัดตั้ง "มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์" และ "มหาวิทยาลัยนครพนม" นั้นใช้หลักการหลอมรวมสถาบันอุดมศึกษาที่มีอยู่แล้ว เป็นการใช้ทรัพยากรของประเทศที่มีอยู่ให้เกิดประโยชน์สูงสุด และเป็นการประหยัดงบประมาณของรัฐโดยไม่จำเป็นต้องลงทุนด้านสิ่งก่อสร้างจำนวนมาก สอดคล้องกับสถานการณ์ของประเทศ เป็นการกระจายโอกาสและสร้างความเสมอภาคให้แก่เยาวชนและประชาชนทั่วไปในจังหวัดพื้นที่ตั้งมหาวิทยาลัยและจังหวัดใกล้เคียงให้มีโอกาสเข้าศึกษาระดับอุดมศึกษามากขึ้น อันจะส่งผลต่อการพัฒนาเศรษฐกิจ สังคม และคุณภาพชีวิตของประชากร นอกจากนี้ยังเป็นการส่งเสริมการมีส่วนร่วมของท้องถิ่นในการจัดการศึกษา ไม่ว่าจะเป็นทั้งเป็นการพัฒนาครู อาจารย์ และบุคลากร ตลอดจนหน่วยงานในท้องถิ่น ให้มีคุณภาพและประสิทธิภาพสูงขึ้น กับทั้งยังสามารถจัดการเรียนการสอนได้สอดคล้องกับความต้องการของประชาชนมากขึ้น

การจัดตั้ง “มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์” นั้นเกิดจากการหลอมรวมของ วิทยาลัยเทคนิคนราธิวาส วิทยาลัยเกษตรและเทคโนโลยีนราธิวาส วิทยาลัยพยาบาลบรมราชชนนีนราธิวาส วิทยาลัยการอาชีพตากใบ เป็นองค์กรเดียวกัน โดยไม่ขัดต่อปรัชญาการศึกษาและภารกิจของสถาบันการศึกษาเดิม การบริหาร การจัดการและการดำเนินการมีความสอดคล้องและเหมาะสมกับสภาวการณ์ของประเทศ

ส่วนการจัดตั้งมหาวิทยาลัยนครพนมเกิดจาการหลอมรวมสถาบันต่าง ๆ ได้แก่ มหาวิทยาลัยราชภัฏนครพนม มหาวิทยาลัยมหาสารคาม วิทยาเขตนครพนม วิทยาลัยเทคนิคนครพนม วิทยาลัยเกษตรและเทคโนโลยีนครพนม วิทยาลัยการอาชีพธาตุพนม วิทยาลัยการอาชีพนาหว้า วิทยาลัยพยาบาลบรมราชชนนี นครพนม เข้าด้วยกัน ทั้งนี้เนื่องจากจังหวัดนราธิวาสและนครพนมเป็นจังหวัดที่ตั้งอยู่ในตำแหน่งทางภูมิศาสตร์ที่เป็นรอยต่อออกไปสู่ประเทศเพื่อนบ้าน การจัดตั้งสถาบันอุดมศึกษาทั้งที่จังหวัดนราธิวาสและนครพนมนอกจากจะเป็นการกระจายโอกาสทางการศึกษาระดับอุดมศึกษาให้กับประชาชนในพื้นที่และจังหวัดใกล้เคียงแล้ว ยังเพิ่มโอกาสที่จะรองรับการศึกษาต่อและการใช้บริการทางการอุดมศึกษาให้กับประชาชนในประเทศเพื่อนบ้านได้อีกด้วย