เมื่อปี พ.ศ. 2306 สมาคมแบบทิสเชิร์ตแห่งเมืองฟิลาเดลเฟียได้ส่งหมอสอนศาสนาแบบทิสชื่อจอน แมนนิงไปยังโรดไอแลนด์เพื่อจัดตั้งวิทยาลัย ซึ่งเป็นขณะเดียวกันกับกลุ่มชาวโรดไอแลนด์ที่เข้าชื่อกันมากกว่า 60 คน รวมทั้งจอห์นและนิโคลาส แห่งครอบครัว "บราวน์" โดยมีข้อเขียนของวัตถุประสงค์ที่แปลความหมายได้ว่าไม่ต้องการให้เน้นการสอนด้านธุรกิจและกฎหมาย ทำให้มหาวิทยาลัยบราวน์ในปัจจุบันไม่มีการสอนในสองสาขานี้ (เช่นเดียวกับมหาวิทยาลัยพรินซ์ตัน) จอน แมนนิงได้รับการแต่งตั้งเป็นอธิการบดีคนแรกเมื่อ พ.ศ. 2308

มหาวิทยาลัยบราวน์เริ่มรับนักศึกษาหญิง โดยการตั้งวิทยาลัยระดับปริญญาตรีสำหรับสตรีคือ "วิทยาลัยเพมโบรค" (Pembroke Collage) เมื่อ พ.ศ. 2434 และในปี พ.ศ. 2514 วิทยาลัยระดับปริญญาตรีได้รวมตัวเป็นสหศึกษา (ชาย-หญิงเรียนรวมกัน)