แนวคิดที่จะตั้งมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย วิทยาเขตสุรินทร์ ได้เริ่มมาตั้งแต่ปีพุทธศักราช 2529 โดยพระราชสิทธิโกศล (เทพ นนฺโท)เจ้าคณะจังหวัดสุรินทร์และเจ้าอาวาสวัดกลางสุรินทร์ในขณะนั้น และพระศรีธีรพงศ์รองเจ้าคณะจังหวัดสุรินทร์ ฝ่ายจัดการศึกษาของคณะสงฆ์จังหวัดสุรินทร์ปัจจุบันคือ พระธรรมโมลี,ดร. (ทองอยู่ ญาณวิสุทฺโธ) มีแนวคิดที่จะขยายการศึกษาของคณะสงฆ์จังหวัดสุรินทร์ให้ครบวงจรขึ้น ทั้งนี้ได้รับความเห็นชอบและความสนับสนุนจาก นายเสนอ มูลศาสตร์ ผู้ว่าราชการจังหวัดสุรินทร์ ในขณะนั้น

พระราชสิทธิโกศล (เทพ นนฺโท)เจ้าคณะจังหวัดสุรินทร์และเจ้าอาวาสวัดกลางสุรินทร์ในขณะนั้น จึงมีหนังสือนิมนต์เจ้าคณะพระสังฆาธิการของจังหวัดสุรินทร์มาร่วมประชุมปรึกษาหารือที่อุโบสถวัดกลางสุรินทร์ เมื่อเดือนพฤศจิกายน 2529 ที่ประชุมมีมติเป็นเอกฉันท์ให้จัดตั้ง มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย วิทยาเขตสุรินทร์ ขึ้น ในปีพุทธศักราช 2530 แต่ทางคณะสงฆ์จังหวัดสุรินทร์ ไม่สามารถดำเนินการได้ทันที เนื่องจากขาดบุคลากรผู้จะดำเนินการ

ปีพุทธศักราช 2531 คณะสงฆ์จังหวัดสุรินทร์พร้อมทั้งข้าราชการ คณาจารย์ พ่อค้าและประชาชน ได้พร้อมใจกันประชุมอีกครั้งหนึ่ง ที่วัดกลางสุรินทร์ โดยมีพระราชสิทธิโกศล (เทพ นนฺโท) เจ้าคณะจังหวัดสุรินทร์ เป็นประธานฝ่ายสงฆ์ และนายเถกิง เจริญศรี ผู้ว่าราชการจังหวัดสุรินทร์ เป็นประธานฝ่ายฆราวาส ที่ประชุมได้มีมติให้ดำเนินการขออนุญาตจัดตั้งมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย วิทยาเขตสุรินทร์ ขึ้น โดยใช้อาคารสถานที่ของวัดศาลาลอย อำเภอเมืองสุรินทร์ เป็นสำนักงานและอาคารเรียนชั่วคราว ที่ประชุมได้มอบหมายให้ พระศรีธีรพงศ์ รองเจ้าคณะจังหวัดสุรินทร์ฝ่ายจัดการศึกษา และพระมหาประจักษ์ จกฺกธมฺโม พุทธศาสตรบัณฑิต พระจริยนิเทศก์ประจำจังหวัดสุรินทร์ เป็นผู้แทนคณะสงฆ์จังหวัดสุรินทร์ เป็นผู้ดำเนินการขออนุมัติจัดตั้งมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย วิทยาเขตสุรินทร์ ต่อมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย

มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้ประชุมสภามหาวิทยาลัย ครั้งที่ 2/2531 เมื่อวันที่ 24 มีนาคม 2531 มีมติเป็นเอกฉันท์ให้จัดตั้ง วิทยาเขตสุรินทร์ ขึ้นใน “คณะสังคมศาสตร์” โดยมีชื่อเต็มว่า “มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ในพระบรมราชูปถัมภ์ วิทยาเขตสุรินทร์”

มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ในพระบรมราชูปถัมภ์ วิทยาเขตสุรินทร์ ได้ทำการปฐมนิเทศเปิดการศึกษารุ่นแรก เมื่อวันที่ 19 พฤษภาคม 2531 มีพระภิกษุสามเณรสมัครเป็นนิสิตรุ่นแรกจำนวน 49 รูป และได้ประกอบพิธีเปิดป้าย ณ อาคารเรียนโรงเรียนปริยัติธรรม วัดศาลาลอย อำเภอเมืองสุรินทร์ เมื่อวันที่ 30 ตุลาคม 2531 โดยมีเจ้าประคุณสมเด็จพระพุฒาจารย์ (อาจ อาสโภ) ผู้ปฏิบัติหน้าที่สมเด็จพระสังฆราช เป็นประธานฝ่ายสงฆ์ และนาย พิศาล มูลศาสตรสาทร ปลัดกระทรวงมหาดไทย เป็นประธานฝ่ายฆราวาส โดยมีเจ้าคณะจังหวัดในภาคตะวันออกเฉียงเหนือทั้ง 17 จังหวัด ผู้ว่าราชการจังหวัดทั้ง 17 จังหวัด ในภาคตะวันออกเฉียงเหนือ พระสังฆาธิการ ข้าราชการ พ่อค้า และประชาชนร่วมในพิธีเป็นจำนวนมาก

ในปีพุทธศักราช 2540 มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้รับพระราชบัญญัติรับรองสถานภาพความเป็นนิติบุคคลของมหาวิทยาลัย และมีพระราชบัญญัติของมหาวิทยาลัย เรียกชื่อว่า พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย พ.ศ. 2540 โดยพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช ทรงลงพระปรมาภิไธย เมื่อวันที่ 21 กันยายน 2540 และประกาศในพระราชกิจจานุเบกษา ฉบับกฤษฎีกา เล่มที่ 114 ตอนที่ 51 ก ลงวันที่ 1 ตุลาคม 2540

มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ในพระบรมราชูปถัมภ์ วิทยาเขตสุรินทร์ จึงได้ชื่ออย่างเป็นทางการว่า “มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย วิทยาเขตสุรินทร์”

ปีพุทธศักราช 2542 มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย วิทยาเขตสุรินทร์ ได้ย้ายมาดำเนินการยังสถานที่ตั้งถาวรบนเนื้อที่ 100 ไร่ ณ บ้านโคกกระเพอ หมู่ที่ 8 (ห้วยเสนง) ตำบลนอกเมือง อำเภอเมือง จังหวัดสุรินทร์

ปีพุทธศักราช 2542 มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย วิทยาเขตสุรินทร์ ได้ขยายการจัดการศึกษาไปที่จังหวัดบุรีรัมย์ โดยจัดตั้งเป็นห้องเรียนมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย วิทยาเขตสุรินทร์ ห้องเรียนวัดพระพุทธบาทเขากระโดง จังหวัดบุรีรัมย์ เปิดสอนสาขาวิชาพระพุทธศาสนา