ประวัติของมหาวิทยาลัยมาลายานั้นเริ่มตั้งแต่ครั้งเป็นวิทยาลัยแพทยศาสตร์ และวิทยาลัยราฟเฟิลส์ ในสมัยเป็นอาณานิคมของประเทศอังกฤษ โดยในช่วงปี ค.ศ.1900 มีการจัดตั้งโรงพยาบาลแพทย์แผนฝรั่งหลายแห่งในปีนังและสิงคโปร์ และเริ่มมีการเปิดโรงเรียนการแพทย์ในเวลาต่อมาเพื่อรองรับการขาดแคลนบุคลากรทางการแพทย์และการขยายตัวของประเทศจนพัฒนาเป็นวิทยาลัยแพทย์ (King Edward VII Medical College of Medicine) ในปี ค.ศ.1905 ส่วนวิทยาลัยราฟเฟิลส์ (Raffles College) เป็นวิทยาลัยที่มีการเรียนการสอนทางด้านมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์นั้น ก่อตั้งขึ้นในปี ค.ศ.1928 เพื่อเปิดการเรียนการสอนในสาขาวิชาทางภาษาและมีความร่วมมือทางวิชาการกับมหาวิทยาลัยจากประเทศอังกฤษอีกด้วย ระหว่างช่วงปีค.ศ.1938-1949 เป็นช่วงหัวเลี้ยวหัวต่อจากภาวะสงครามโลกครั้งที่ 2 ทางรัฐบาลอังกฤษ British Malaya Government ได้มีการริเริ่มที่จะสร้างมหาวิทยาลัยของชาวมาเลเซียขึ้นมา โดยมีการส่งนักวิชาการจากมหาวิทยาลัยเบอมิงแฮมของอังกฤษ และอีกหลายท่านมาศึกษากระบวนการพัฒนาและความเป็นไปได้ จนกระทั่งในปีค.ศ.1949 ได้มีการก่อตั้งมหาวิทยาลัยมาลายาขึ้นมาเป็นผลสำเร็จจากการรวม วิทยาลัยแพทยศาสตร์ (King Edward VII Medical College of Medicine) และ วิทยาลัยราฟเฟิลส์ (Raffles College) ในวันที่ 8 ตุลาคม ค.ศ.1949 ณ ประเทศสิงคโปร์ ในปีค.ศ.1959 มหาวิทยาลัยถูกแบ่งออกเป็น 2 มหาวิทยาลัยอันเนื่องจากมีวิทยาเขตหนึ่งอยู่ในกัวลาลัมเปอร์และสิงคโปร์ และมติเป็นเอกฉันท์ในวันที่ 1 มกราคม ค.ศ.1962 มหาวิทยาลัยที่กัวลาลัมเปอร์จะชื่อ มหาวิทยาลัยมาลายา ส่วนมหาวิทยาลัยในสิงคโปร์จะใช้ชื่อมหาวิทยาลัยแห่งชาติสิงคโปร์ (ปัจจุบันคือมหาวิทยาลัยแห่งชาติสิงคโปร์ National University of Singapore)