มหาวิทยาลัยก่อตั้งขึ้นในเดือนมกราคม ค.ศ. 1957 ผ่านการรวมตัวกันของวิทยาลัยโยนิ (연희전문학교; 延禧專門學校) และวิทยาลัยการแพทย์พันธมิตรสหภาพ (세브란스의과대학; 세브란스醫科大學) นี่เป็นผลมาจากความร่วมมือทวิภาคีที่ยั่งยืนระหว่างวิทยาลัยที่เริ่มขึ้นในทศวรรษ ค.ศ. 1920 สถาบันเหล่านี้เป็นสถาบันใหม่ของเกาหลีในเวลาที่เริ่มก่อตั้ง Yonhi College เป็นหนึ่งในวิทยาลัยที่ทันสมัยแห่งแรกก่อตั้งขึ้นเมื่อ Chosun Christian College (in 기독교대학; 朝鮮基督教大學) ในเดือนมีนาคมปี ค.ศ. 1915 การแยกมีรากฐานในศูนย์การแพทย์สมัยใหม่แห่งแรกในเกาหลี Gwanghyewon (광혜원廣惠惠惠, House of Extended Grace) ก่อตั้งขึ้นในเดือนเมษายนปี ค.ศ. 1885 ในฐานะที่เป็นบรรณาการชื่อ 'Yonsei' นั้นได้มาจากพยางค์แรกของชื่อของสถาบันหลักสองแห่ง 'Yon; 연;延 'จาก Yonhi College และ' Sei; 세;世 'จาก Severance Union Medical College

ในสัญลักษณ์ของมหาวิทยาลัยย็อนเซเป็นเกราะป้องกัน ในโล่ 'ㅇ' หมายถึงท้องฟ้า 'ㅡ' หมายถึงแผ่นดินและ 'ㅅ' หมายถึงมนุษย์ ที่ด้านซ้ายของ 'ㅇ' หนังสือเป็นความจริง ทางด้านขวาคบเพลิงเป็นอิสระ โล่ปกป้องความคิดทั้งสองนี้

สัตว์สัญลักษณ์คือนกอินทรี และสีของสัญลักษณ์คือ "สีน้ำเงิน"