มหาวิทยาลัยวาเซดะเริ่มต้นขึ้นจากวิทยาลัยโตเกียวเซ็มมงกักโก เมื่อวันที่ 21 ตุลาคม พ.ศ. 2425 ก่อนที่จะมีการเลือกใช้ชื่อนี้ มหาวิทยาลัยเป็นที่รู้จักในหลายชื่อ เช่นวาเซดากักโก หรือทตสึกากักโก หลังจากที่ได้มีการเลือกสถานที่ตั้งที่บ้านของผู้ก่อตั้งในหมู่บ้านวาเซดะ และที่ตั้งของโรงเรียนในหมู่บ้านทตสึกะตามลำดับแล้ว เมื่อประมาณปี 2525 ผู้คนเริ่มเรียกมหาวิทยาลัยว่าวาเซดากักโก จึงมีการให้ชื่อใหม่ว่ามหาวิทยาลัยวาเซดะในวันที่ 2 กันยายน พ.ศ. 2445 และมหาวิทยาลัยก็เริ่มเป็นที่รู้จักมากขึ้น นอกจากนี้ ศิษย์เก่าของมหาวิทยาลัยวาเซดะยังได้รับการเลือกตั้งให้เป็นนายกรัฐมนตรีของประเทศญี่ปุ่นถึง 7 คน