มหาวิทยาลัยนำโดยอธิการบดีผู้ถือตำแหน่งรองเลขาธิการสหประชาชาติ ปัจจุบันมีผู้เป็นอธิการบดี ณ ยูเอ็นยู มาแล้วหกคน อธิการบดีคนปัจจุบันรับตำแหน่งตั้งแต่ เดือนมีนาคม ค.ศ. 2013 ได้แก่ เดวิด เอ็ม. มาโลน จากประเทศแคนาดา

คณะกรรมการของยูเอ็นยู[1] เป็นผู้บริหารคณะกรรมการของมหาวิทยาลัย และประกอบด้วยสมาชิกจำนวน 24 คน ซึ่งถูกเลือกโดยรองเลขาธิการสหประชาชาติร่วมกับอธิบดีของยูเนสโก[2]