มหาวิทยาลัยอีสาน เปิดสอนทำการสอน 3 ระดับ คือ

• ระดับปริญญาตรี หลักสูตร 4 ปีและหลักสูตร 2 ปีต่อเนื่อง
  • คณะบริหารธุรกิจ สาขาวิชาบัญชี สาขาวิชาการจัดการ สาขาวิชาคอมพิวเตอร์ธุรกิจ สาขาวิชาการจัดการอุตสาหกรรม
  • คณะนิติศาสตร์ สาขาวิชานิติศาสตร์
  • คณะนิเทศศาสตร์ สาขาวิชานิเทศศาสตร์
  • คณะศิลปศาสตร์ หลักสูตรรัฐประศาสนศาสตบัณฑิต สาขาวิชาการปกครองท้องถิ่น
  • คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี สาขาวิชาเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
  • คณะพยาบาลศาสตร์ สาขาวิชาการพยาบาล
  • คณะวิศวกรรมศาสตร์ สาขาวิชาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์ สาขาวิชาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์แอนิเมชันและเกม สาขาวิชาวิศวกรรมซอฟต์แวร์
• ระดับปริญญาโท 3 หลักสูตร
  • หลักสูตรรัฐประศาสนศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชารัฐประศาสนศาสตร์
  • หลักสูตรศึกษาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาบริหารการศึกษา และสาขาวิชาการพัฒนาหลักสูตรและการจัดการเรียนรู้
  • หลักสูตรบริหารธุรกิจมหาบัณฑิต สาขาวิชาการจัดการ
• ระดับประกาศนียบัตรบัณฑิต
  • หลักสูตรประกาศนียบัตรวิชาชีพครู