เริ่มก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2418 โดยแต่เดิมชื่อสถาบันฝึกอบรมธุรกิจ (ญี่ปุ่น: 商法講習所code: ja is deprecated  โรมาจิ: Shoho Koshujo) โดยมีจุดประสงค์เพื่อการสร้างทรัพยากรมนุษย์ที่จะสามารถเป็นผู้นำในอุตสาหกรรมต่าง ๆ ดั่งปรัชญาของมหาวิทยาลัยว่า "Captains of Industry" ต่อมาได้เปลี่ยนเป็นมหาวิทยาลัยฮิโตะสึบะชิในปี พ.ศ. 2472 ประกอบด้วย 3 คณะ ได้แก่ คณะพาณิชยศาสตร์และการบัญชี คณะเศรษฐศาสตร์ และ คณะนิติสังคมศาสตร์ ในปี พ.ศ. 2494 คณะนิติสังคมศาสตร์จึงแยกออกเป็นคณะนิติศาสตร์และสังคมศาสตร์

ภายหลังมีการก่อตั้งบัณฑิตวิทยาลัยภาษาและสังคมวิทยา (พ.ศ. 2539), ศูนย์วิจัยนวัตกรรม (พ.ศ. 2540), บัณฑิตวิทยาลัยบริหารธุรกิจนานาชาติ (พ.ศ. 2541), บัณฑิตวิทยาลัยเพื่อการวางนโยบายสาธารณะ (พ.ศ. 2548) ตามลำดับ