หลัง ค.ศ. 1933 เช่นเดียวกับมหาวิทยาลัยเยอรมันอื่น ๆ มหาวิทยาลัยฮุมบ็อลท์ถูกเปลี่ยนเป็นสถาบันการศึกษานาซี หนังสือประมาณ 20,000 เล่ม จากห้องสมุดมหาวิทยาลัย ที่เขียนโดยผู้ต่อต้านระบอบนาซีถูกนำออกมาเผา ในวันที่ 10 พฤษภาคม ปีเดียวกัน ที่ลาน Opernplatz (ปัจจุบันคือ Bebelplatz) นักศึกษาและอาจารย์ชาวยิว และผู้ต่อต้านนาซีถูกไล่ออกจากมหาวิทยาลัย และมักจะถูกเนรเทศออกนอกประเทศด้วย