มหาวิทยาลัยเซนต์จอห์น ได้รับอนุมัติจัดตั้งจากทบวงมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 5 มกราคม พ.ศ. 2532 อนุญาตให้จัดการศึกษาหลักสูตรปริญญาตรี ภายใต้การกำกับดูแลของทบวงมหาวิทยาลัย ตามพระราชบัญญัติสถาบันอุดมศึกษาเอกชน พ.ศ. 2522 แก้ไขเพิ่มเติม (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2535

หลักสูตรปริญญาตรีของมหาวิทยาลัยเซนต์จอห์น เป็นหลักสูตรที่สร้างขึ้นเพื่อให้ครบถ้วนสมบูรณ์ในการที่จะเสริมต่อระบบการศึกษา ที่คณะผู้บริหารเซนต์จอห์นรับผิดชอบอยู่ นับตั้งแต่ระดับแรกสุด คือ อนุบาล ประถม มัธยม สูงขึ้นเป็นระดับ อาชีวศึกษา และประกาศนียบัตรวิชาชีพชั้นสูง ซึ่งยังไม่ครบถ้วน สมบูรณ์ตามแผนการศึกษาแห่งชาติ และความต้องการของสังคมสมัยใหม่ คณะผู้บริหารจึงได้ขออนุญาตจัดตั้งวิทยาลัย และเปิดสอนหลักสูตรระดับปริญญาตรีขึ้น คณะแรกที่มหาวิทยาลัยเซนต์จอห์น ตั้งใจจะประสานต่อสายใยทางการศึกษาในกลุ่มเซนต์จอห์น ให้สมบูรณ์ในระดับอุดมศึกษาก็คือ คณะบริหารธุรกิจ ซึ่ง ประกอบด้วย 2 สาขาวิชา คือ สาขาวิชาการบัญชี และสาขาวิชาการตลาด รับนักศึกษาภาคกลางวันเรียน 4 ปี และต่อเนื่อง 2 ปี

ต่อมาในปี พ.ศ. 2534 มหาวิทยาลัยเซนต์จอห์น ได้ขยายการสอนเพิ่มสาขาในคณะบริหารธุรกิจอีก 2 สาขาวิชา คือ สาขาวิชาการจัดการ และสาขาวิชาการจัดการสารสนเทศคอมพิวเตอร์ พร้อมกับขอเปิดคณะวิชาใหม่ คือ คณะนิเทศศาสตร์ ซึ่ง ประกอบด้วย 3 สาขาวิชา คือ สาขาวิชาการโฆษณา สาขาวิชาการประชาสัมพันธ์ และสาขาวิชาวิทยุกระจายเสียงและวิทยุโทรทัศน์

ในปีการศึกษา 2535 มหาวิทยาลัยเซนต์จอห์น ได้เปิดดำเนินการหลักสูตรอุตสาหกรรมศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาวิศวกรรมเครื่องกล และสาขาวิชาวิศวกรรมไฟฟ้า ส่วนในกลุ่มวิชาภาษาศาสตร์นั้น มหาวิทยาลัยเปิดดำเนินการ หลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาภาษาอังกฤษเพื่อการสื่อสารสากล

ในปีการศึกษา 2536 คณะวิศวกรรมศาสตร์ เปิดดำเนินการหลักสูตรอุตสาหกรรมศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาวิศวกรรมอุตสาหการ เพิ่มขึ้นอีกสาขาหนึ่ง ส่วนคณะวิชาในด้านมนุษยศาสตร์ได้จัดตั้งคณะนิติศาสตร์ขึ้น และเปิดดำเนินการสอน ในสาขาวิชานิติศาสตร์

ในปีการศึกษา 2537 มหาวิทยาลัยเซนต์จอห์น ได้เปิดดำเนินการสาขาวิชาการท่องเที่ยว คณะศิลปศาสตร์ และจัดตั้งคณะวิชาเพิ่มอีก 1 คณะ คือ บัณฑิตวิทยาลัย เปิดดำเนินการหลักสูตรบริหารธุรกิจมหาบัณฑิต ในกลุ่มการจัดการการเงิน และการธนาคาร กลุ่มการจัดการการตลาด และกลุ่มการจัดการ และในปีการศึกษา 2538 ได้เปิดดำเนินการหลักสูตรบริหารธุรกิจบัณฑิต สาขาวิชาการเงินและการธนาคาร สำหรับแผนการขยายการศึกษา หลังจากได้รับการอนุมัติให้เปลี่ยนประเภทจาก "วิทยาลัย" เป็น "มหาวิทยาลัย" เมื่อวันที่ 19 มีนาคมพ.ศ. 2539 มหาวิทยาลัยเซนต์จอห์นได้เปิดดำเนินการหลักสูตรบริหารธุรกิจมหาบัณฑิต สาขาวิชา บริหารธุรกิจ และสิ่งแวดล้อม และขอเพิ่มกลุ่มการจัดการธุรกิจระหว่างประเทศในปีการศึกษา 2540 และในปีการศึกษา 2541 ได้ขอเปิดดำเนินการ หลักสูตรนิเทศศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาสื่อสารการตลาด

ในปีการศึกษา 2544 เปิดดำเนินการหลักสูตรวิศวกรรมศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาวิศวกรรมเครื่องกล สาขาวิชาวิศวกรรมไฟฟ้า และสาขาวิชาวิศวกรรมอุตสาหการ หลักสูตรนิติศาสตรบัณฑิต (ภาคปกติ) หลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต (ต่อเนื่อง 2 ปี) ภาคปกติและภาคค่ำ สาขาวิชาการท่องเที่ยว หลักสูตรบริหารธุรกิจบัณฑิต สาขาวิชาการจัดการ สารสนเทศคอมพิวเตอร์ (โปรแกรมภาษาอังกฤษ) ภาคปกติ

ปีการศึกษา 2545 มหาวิทยาลัยได้เปิดดำเนินการหลักสูตรศึกษาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการบริหารการศึกษา และหลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาปรัชญาและศาสนา Ph.D. (Philosophy and Religion)

และปีการศึกษา 2549 มหาวิทยาลัยได้เปิดดำเนินการหลักสูตรศึกษาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการบริหารการศึกษา กลุ่มวิชาพัฒนานักเรียนนักศึกษา เป็นแห่งแรกของประเทศไทย