เครือข่ายวิชาการในชื่อ "มหาวิทยาลัยเที่ยงคืน" ก่อตั้งเมื่อปี 2540 ส่วนเว็บไซต์มหาวิทยาลัยเที่ยงคืน เริ่มให้บริการตั้งแต่ปี 2541[1]เริ่มแรกใช้พื้นที่ฟรีของ GeoCities ให้บริการที่ที่อยู่ www.geocities.com/midnightunivก่อนจะเปลี่ยนมาใช้บริการพื้นที่เว็บของบริษัท Thaiis[2] เนื่องจากพื้นที่เดิมไม่เพียงพอ โดยใช้ชื่อโดเมนว่า midnightuniv.org[3] โดเมนนี้จดทะเบียนเมื่อวันที่ 4 พฤษภาคม 2547[4]