ผู้ว่าราชการจังหวัดชุมพร (นายบุญนาค สายสว่าง) ได้ลงนามในคำสั่งจังหวัดชุมพรที่ 18/2523 ลงวันที่ 7 มกราคม 2523 แต่งตั้งคณะกรรมการเตรียมการจัดตั้งสถาบันเทคโนโลยีการเกษตร วิทยาเขตชุมพร และขอให้สถาบันเทคโนโลยีการเกษตร พิจารณาจัดตั้งสถาบันอุดมศึกษาทางการเกษตรในพื้นที่ป่าสงวนแห่งชาติเขตอำเภอละแม จังหวัดชุมพร

ต่อมาสภาสถาบันเทคโนโลยีการเกษตร ได้พิจารณาในการประชุมเมื่อวันที่ 6 กุมภาพันธ์ 2523 รับหลักการและแต่งตั้งกรรมการชุดหนึ่งเพื่อกำหนดแผนดำเนินงานกับคณะกรรมการจังหวัดชุมพร อย่างไรก็ดีสภาสถาบันฯ มีความเห็นโดยสรุปว่า การจัดตั้งเป็นวิทยาเขตนั้นคงต้องอาศัยเวลาและงบประมาณสนับสนุน และที่สำคัญจะต้องได้รับความเห็นชอบจากทบวงมหาวิทยาลัย ให้บรรจุไว้ในแผนการศึกษาตามแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ ระยะที่ 5 (พ.ศ. 2525-2529) ในระยะแรกของการจัดตั้งให้ดำเนินงานเป็นศูนย์ไร่ฝึกนักศึกษาและการศึกษาต่อเนื่อง เพื่อให้เป็นสถานที่ฝึกงานของนักศึกษาในการฝึกอบรมหลักสูตรระยะสั้น และงานวิจัยทางการเกษตรของท้องถิ่น กระทั่งวันที่ 27 มิถุนายน 2523 นายวิภาต บุญศรี วังซ้าย อธิการบดีสถาบันเทคโนโลยีการเกษตร ได้มีหนังสือถึงผู้ว่าราชการจังหวัดชุมพร ว่าสภาสถาบันฯ ในขณะนั้นได้มีมติรับหลักการ

กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ได้อนุมัติให้สถาบันเทคโนโลยีการเกษตรแม่โจ้เข้าใช้พื้นที่ป่าไม้เคี่ยมในท้องที่ตำบลละแม อำเภอละแม จังหวัดชุมพร พื้นที่ 1,750 ไร่ ซึ่งเป็นป่าสงวนแห่งชาติ ตามกฎกระทรวงฉบับที่ 137 (พ.ศ. 2505) ออกตามความในพระราชบัญญัติคุ้มครองและสงวนป่า พุทธศักราช 2481 เพื่อจัดตั้งสถาบันเทคโนโลยีการเกษตรแม่โจ้ วิทยาเขตชุมพร[2] ต่อมาในปี พ.ศ. 2543 ได้มีประกาศแบ่งหน่วยงานของมหาวิทยาลัยแม่โจ้เป็นการภายใน ได้แก่ โครงการจัดตั้งสำนักสหวิชาการละแม ต่อทบวงมหาวิทยาลัยได้อนุมัติให้จัดตั้ง “สำนักสหวิชาการ” เป็นการภายใน และวันที่ 21 มีนาคม 2547 สภามหาวิทยาลัยพิจารณาเห็นให้สำนักสหวิชาการละแม มีฐานะเทียบเท่าส่วนราชการระดับคณะ และให้จัดการเรียนการสอนเป็นแบบวิทยาเขต โดยเห็นชอบให้ใช้ชื่อ “โครงการมหาวิทยาลัยแม่โจ้ – ชุมพร” เป็นหน่วยงานภายในมีฐานะเป็นส่วนราชการระดับคณะ และให้จัดการบริหารงานเป็นแบบวิทยาเขต เพื่อสนองวัตถุประสงค์ของโครงการ อันจะเป็นประโยชน์อย่างยิ่งต่อการพัฒนาท้องถิ่นภาคใต้ตอนบน ซึ่งจะมีการดำเนินการให้เป็นไปตามมติดังกล่าวต่อไป มติที่ประชุมกรรมการบริหารมหาวิทยาลัย ครั้งที่ 16/2549 เมื่อวันที่ 22 พฤศจิกายน 2549 ได้มีมติให้ตัดคำว่า “โครงการ” นำหน้าชื่อหน่วยงานออกคือ โครงการมหาวิทยาลัยแม่โจ้-ชุมพร ให้ใช้เป็น “มหาวิทยาลัยแม่โจ้ -ชุมพร”

ปัจจุบันมหาวิทยาลัยแม่โจ้ – ชุมพร เป็นหน่วยงานที่เทียบเท่าคณะ สังกัดสำนักงานอธิการบดี มีผู้อำนวยการมหาวิทยาลัยแม่โจ้ – ชุมพร เป็นผู้บริหาร ทั้งนี้มีหน่วยงานประสานงานเป็นหน่วยงานตั้งอยู่ในสำนักงานอธิการบดี โดยมีภารกิจประจำที่พื้นที่ของมหาวิทยาลัยแม่โจ้ จำนวน 2005-3-45 ไร่ ที่อำเภอละแม จังหวัดชุมพร