ประวัติการก่อตั้งมหาวิทยาลัยแห่งชาติโซลนั้นมีประวัติยาวนานในสมัยจักรวรรดิเกาหลี เนื่องจากเป็นการผนวกหลากหลายอดีตสถาบันอุดมศึกษาในสมัยจักรวรรดิเกาหลี และดำเนินการจัดตั้งวิทยาลัยแพทยศาสตร์คย็องซ็อง ถือว่าเป็นวิทยาลัยแรกในการจัดตั้งมหาวิทยาลัยแห่งนี้ ต่อมาจักรวรรดิญี่ปุ่นได้ล้มล้างจักรวรรดิเกาหลี ทำให้เกาหลีตกเป็นอาณานิคมของญี่ปุ่นในปี พ.ศ. 2467 สถาบันแห่งนี้ถูกผนวกเป็นมหาวิทยาลัยจักรวรรดิลำดับที่ 6 จากมหาวิทยาลัยจักรวรรดิ (Imperial University) 9 แห่งของจักรวรรดิญี่ปุ่น โดยใช้ชื่อว่า "มหาวิทยาลัยจักรวรรดิเคโจ" (Keijō Imperial University) ควบคุมโดยกระทรวงศึกษาธิการ วิทยาศาสตร์ และวัฒนธรรมของญี่ปุ่น

ภายหลังสงครามโลกครั้งที่ 2 สิ้นสุดลง สหรัฐอเมริกาเข้ามามีบทบาทในเกาหลี มหาวิทยาลัยแห่งนี้ได้เปลี่ยนชื่อกลับมาเป็น "มหาวิทยาลัยคย็องซ็อง" และในวันที่ 27 สิงหาคม พ.ศ 2489 ได้มีผนวกสถาบันอุดมศึกษาอีก 9 ครั้งแห่งเพื่อจัดตั้งเป็น "มหาวิทยาลัยแห่งชาติโซล" ปัจจุบันมี 3 วิทยาลัยเขตหลักคือวิทยาเขตควานัก วิทยาเขตซูว็อนของวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ และวิทยาเขตชงโนของวิทยาลัยแพทยศาสตร์