ก่อนสิ้นสุดสงครามโลกครั้งที่สอง มหาวิทยาลัยเป็นที่รู้จักในชื่อมหาวิทยาลัยจักรวรรดิไทโฮกุ(臺北帝國大學 ; Taihoku Imperial University) เป็นหนึ่งในเก้ามหาวิทยาลัยจักรวรรดิ (Imperial University) ของจักรวรรดิญี่ปุ่น(大日本帝国) ก่อตั้งโดยรัฐบาลญี่ปุ่นเมื่อ ค.ศ. 1928 โดยมีคณะศิลปศาสตร์และกฎหมาย และคณะวิทยาศาสตร์และการเกษตร เป็นคณะแรกตั้ง ต่อมาได้มีการจัดตั้งคณะวิศวกรรมศาสตร์และคณะแพทย์ศาสตร์เพิ่มขึ้นเพื่อรองรับจำนวนนักศึกษาที่เพิ่มขึ้น หลังสงครามโลกครั้งที่ 2 สิ้นสุดลง รัฐบาลจีนคณะชาติพรรคก๊กมินตั๋งได้เข้ามามีบทบาทต่อการจัดการเรียนการสอน เปลี่ยนชื่อจากมหาวิทยาลัยจักรววรดิ์ไทโฮกุเป็น มหาวิทยาลัยแห่งชาติไต้หวัน เมื่อวันที่ 15 พฤศจิกายน พ.ศ. 2488 หลังจากที่ญี่ปุ่นพ่ายแพ้สงครามและก๊กมินตั๋งย้ายมาตั้งหลักที่เกาะไต้หวัน มหาวิทยาลัยแห่งชาติไต้หวัน เป็นสถาบันอุดมศึกษาชั้นนำของไต้หวัน ตั้งอยู่ใจกลางกรุงไทเป มหาวิทยาลัยเป็นลำดับหนึ่งจากการสอบแข่งขันของเด็กมัธยมปลายทั่วไต้หวัน และมีศิษย์เก่ามากมายที่มีชื่อเสียง ปัจจัยเหล่านี้ล้วนเอื้อให้มหาวิทยาลัยแห่งชาติไต้หวันเป็นมหาวิทยาลัยที่โดดเด่นและได้รับการยอมรับในสังคมไต้หวัน[ต้องการอ้างอิง]