ใน ค.ศ. 2005 มหาวิทยาลัยโตเกียวได้รับการจัดให้เป็นอันดับ 1 ในเอเชีย[6] จากการจัดอันดับสถาบันในระดับอุดมศึกษา โดย มหาวิทยาลัยเซี่ยงไฮ้เจียวทง ประเทศจีน

ใน ค.ศ. 2011 มหาวิทยาลัยโตเกียวได้รับการจัดให้เป็นอันดับ 8 ของโลกที่มีชื่อเสียงโด่งดัง[7] จากการจัดอันดับสถาบันในระดับอุดมศึกษา โดย Times Higher Education ประเทศอังกฤษ

ใน ค.ศ. 2011-2012 มหาวิทยาลัยโตเกียวได้รับการจัดให้เป็นอันดับ 1 ในเอเชีย[8] จากการจัดอันดับสถาบันในระดับอุดมศึกษา โดย Times Higher Education ประเทศอังกฤษ

จากการจัดอันดับมหาวิทยาลัยของคอกโครัลลีไซมอนส์ประจำปี 2019 ได้จัดลำดับให้มหาวิทยาลัยโตเกียวอยู่ในอันดับที่ 23 ของโลก อันดับที่ 4 ของทวีปเอเชีย และอันดับที่ 1 ของประเทศญี่ปุ่น[9]