มหาวิทยาลัยโทรอนโตใช้วิธีการบริหารแบบกระจายอำนาจมาเป็นเวลานานแล้ว โดยกระจายอำนาจไประหว่างส่วนกลาง คณะวิชา วทยาลัยและวิทยาเขตต่างๆ แต่ละวิทยาเขตมีอำนาจการบริหารเป็นเอกเทศภายในองค์กรรวมของมหาวิทยาลัยซึ่งเป็นผู้ให้ปริญญา พระราชบัญญัติ พ.ศ. 2370 ได้ให้พื้นฐานในการบริหารไว้แล้ว มีการแก้ไขในปี พ.ศ. 2392 เพื่อแยกคิงส์คอลเลจออกจากศาสนจักร ในปี พ.ศ. 2396 จึงได้มีพระราชบัญญัคิมหาวิทยาลัยโทรอนโต มีการปรับปรุงแก้ไข 5 ครั้ง ครั้งสุดท้ายเมื่อ พ.ศ. 2513 และมีระบบสภาเดียวที่ส่วนกลาง สภามีสมาชิก 50 คนจากคณะวิชาต่างๆ และหน่วยบริหาร

นายกสภามหาวิทยาลัยทำหน้าที่เป็นประมุขสูงสุดที่ทำหน้าที่เพียงงานพิธีการ ส่วนมากมาจากรองผู้ว่าการรัฐ นายกรัฐมนตรีหรือทูตที่เลือกจากศิษย์เก่าทุกๆ 3 ปี อธิการบดีแต่งตั้งโดยสภามหาวิทยาลัยทำหน้าที่กำกับการบริหารมหาวิทยาลัยตามนโยบายและแผน มหาวิทยาลัยจัดที่พักเป็นทางการให้ผู้บริหารด้วย