จดหมายเหตุของอารามคณะเบเนดิกตินที่ติดกับมหาวิหารกล่าวถึงการเสริมสร้างว่าได้พบโลงหินอ่อนบนโลงเป็นแผ่นหินสองแผ่นที่สลักด้วยคำว่า “Paulo Apostolo Mart (yri) ” ซึ่งแปลว่า “แด่เปาโลอัครทูตและมรณสักขี” แต่การพบนี้มิได้บันทึกไว้เป็นหลักฐานเช่นการพบโลงหินอื่นๆ ในสมัยเดียวกัน [3]

เมื่อวันที 6 ธันวาคม ค.ศ. 2006 ทางสำนักวาติกันกล่าวว่านักโบราณคดีของสำนักขุดพบโลงหินภายใต้แท่นบูชาที่มหาวิหารนักบุญเปาโล ที่เชื่อว่ามีศพของนักบุญเปาโลอยู่ภายใน[4] เมื่อวันที 11 ธันวาคม ค.ศ. 2006 ทางสำนักวาติกันก็มีการแถลงข่าวอย่างเป็นทางการ[5] ถึงรายละเอียดของการขุดค้น ที่เริ่มมาตั้งแต่ปีค.ศ. 2002 จนถึงวันที่ 22 กันยายน ค.ศ. 2006 ซึ่งเป็นผลมาจากการที่นักแสวงบุญแสดงความไม่พึงพอใจที่ไม่สามารถเยี่ยมชมและจับต้องที่ฝังศพของท่านอัครทูตในมหาวิหารนักบุญเปาโลได้เมื่อปีค.ศ. 2000 [6] การตรวจดูว่าจะมีซากของนักบุญเปาโลอยู่ภายในโลงจริงหรือไม่ยังไม่เป็นที่ตกลงกัน ความจริงแล้วโลงหินที่พบก็ยังมิได้เคลื่อนย้ายไปจากที่ที่พบ ฉะนั้นจึงเห็นเพียงด้านแคบด้านเดียว[7]

ส่วนโค้งทำด้วยอิฐที่แสดงว่าเป็นมุขตะวันออกของมหาวิหารที่จักรพรรดิคอนสแตนตินสร้างอยู่ทางตะวันตกของโลงหินพบไม่นานหลังจากนั้น แสดงให้เห็นว่าทางเข้ามหาวิหารแต่เดิมอยู่ทางตะวันออกเหมือนกับมหาวิหารนักบุญเปโตร มหาวิหารใหญ่กว่าที่สร้างเมื่อค.ศ. 386 บนมหาวิหารเดิมมี Via Ostiense อยู่ทางตะวันออกและขยายออกไปทางตะวันตกทางแม่น้ำไทเบอร์ทำให้การวางตัวมหาวิหารผิดไปจากการวางไว้เดิมมาก