นับตั้งแต่การตรึงกางเขนและการฝังศพนักบุญเปโตรเมื่อ ค.ศ. 64 จุดดังกล่าวเป็นที่คาดกันว่าจะเป็นตำแหน่งของนักบุญเปโตร ซึ่งมีแท่นบูชาเล็ก ๆ ตั้งอยู่ เมื่อศาสนสถานแห่งนี้เป็นที่เคารพนับถือมากยิ่งขึ้นเรื่อย ๆ ตัวโบสถ์ก็ได้มีการแต่งตั้งด้วยรูปปั้น ของประดับ และแชนเดอเลียร์อันประณีตเป็นจำนวนมาก ตลอดจนสุสานด้านข้างและแท่นบูชาก็ได้ถูกเพิ่มเติมอย่างต่อเนื่อง[1]

สิ่งก่อสร้างหลังนี้เต็มไปด้วยสุสานและร่างของนักบุญและสมเด็จพระสันตปาปาทั้งหลาย โครงกระดูกยังคงถูกพบเรื่อยมาจนถึงเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. 1544 ในตอนท้ายสุด การออกแบบของมหาวิหารหลังใหม่จึงพยายามที่จะอุทิศให้กับโครงกระดูกเหล่านี้ให้มากที่สุดเท่าที่จะทำได้[4]