นับว่าเป็นแบคทีเรียแท้ แบ่งตามลักษณะการย้อมติดสี(gram's stain)ได้เป็น 2 กลุ่มใหญ่ คือ

แบคทีเรียแกรมลบ

• โพรทีโอแบคทีเรีย(Proteobacteria) พวกสังเคราะห์แสงได้ เช่น เพอเพิลซัลเฟอร์แบคทีเรีย(purple-sulfur bacteria) พวกช่วยตรึงแก๊สไนโตรเจนในอากาศ มาสร้างเป็นสารประกอบไนโตรเจนในดิน ซึ่งเป็นประโยชน์ต่อการเจริญเติบโตของพืช เช่น ไรโซเบียม(Rhizobium sp.)ในปมรากของพืชตระกูลถั่ว
• คลาไมเดีย(Chlamydia) เป็นปรสิตในเซลล์สัตว์ทำให้เกิดโรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์ เช่น โรคโกโนเรีย หรือหนองใน เป็นต้น
• สไปโรคีท(Spirochaete) มีรูปทรงเกลียว ดำรงชีวิตแบบอิสระแต่บางสปีชีส์เป็นสาเหตุของโรคซิฟิลิส หรือโรคฉี่หนู
• ไซยาโนแบคทีเรีย(Cyanobacteria) สังเคราะห์แสงได้ มี คลอโรฟิลล์เอ, แคโรทีนอยด์ และไฟโคบิลิน นักวิทยาศาสตร์คาดว่าเป็นพวกทำให้ออกซิเจนในบรรยากาศเพิ่มมากขึ้น ก่อให้เกิดวิวัฒนาการของสิ่งมีชีวิตที่หายใจโดยใช้ออกซิเจนในปัจจุบัน เช่น แอนาบีนา(Anabaena), นอสตอก(Nostoc) และออสิลลาทอเรีย (Oscillatoria) สามารถตรึงแก๊สไนโตเจนในอากาศ ให้เป็นสารประกอบไนเตรต

แบคทีเรียแกรมบวก

• แลคโตบาซิลลัส(Lactobacillus sp.) เป็นพวกผลิตกรดแลกติกได้จึงนำมาใช้ในอุตสาหกรรมอาหาร ได้แก่ การทำเนย ผักดองและโยเกิร์ต;

Steptomyces sp.ใช้ทำยาปฏิชีวนะ เช่น ยาสเตร็บโตมัยซิน ยาเตตราไซคลิน เป็นต้น;Bacillus sp.สามารถสร้างเอนโดสปอร์(endospore) ทำให้ทนทานต่อสภาพแวดล้อมที่ไม่เหมาะสมได้ดี บางชนิดเป็นสาเหตุทำให้เกิดโรคแอนแทรกซ์

• ไมโคพลาสมา(Mycoplasma) เป็นเซลล์ที่ไม่มีผนังเซลล์ มีเพียงเยื่อหุ้มเซลล์ที่ประกอบด้วยชั้นของไขมัน ส่วนใหญ่ไม่ก่อให้เกิดอันตรายต่อสิ่งมีชีวิตอื่น แต่มีบางพวกทำให้เกิดโรคปอดบวมในคนและวัว