สรรพคุณจากส่วนต่าง ๆ มีดังนี้

• ผล มะเกลือดิบมีสรรพคุณเป็นยาขับพยาธิที่คนไทยรู้จักและใช้กันมานาน ผลมะเกลือมีรสเมาเบื่อ ขับพยาธิในลำไส้ ถ่ายตานซาง ถ่ายกระษัยโดยมากใช้กับเด็ก วิธีการคือ เอาลูกสดใหม่ไม่ช้ำ ตำคั้นเอาน้ำผสมกับน้ำกะทิมะพร้าวดื่มทันที ห้ามเก็บไว้ จะเกิดพิษ ขับพยาธิไส้ เดือน พยาธิปากขอ พยาธิตัวตืด พยาธิเส้นด้าย จำนวนลูกเอาเท่าอายุ แต่ไม่เกิน 25 ลูก เอาดีเกลือ ฝรั่ง 10 กรัม ละลายน้ำสุก 1 แก้ว ดื่มตามหลัง 30 นาที[6]อย่าปล่อยให้เป็นสีดำ เพราะอาจเป็นพิษ ปัจจุบัน มีการสกัดสารที่มีฤทธิ์ขับพยาธิจากผลมะเกลือแล้วผลิตเป็นยาเม็ดสำเร็จรูปใช้รับประทาน
• เมล็ด รสเมามัน ขับพยาธิในท้อง
• เปลือกต้น รสฝาดเมา เป็นยาช่วยบูด แก้กระหาย ขับพยาธิ แก้พิษ ตานซาง
• ทั้งต้น รสฝาดเมา ขับพยาธิ แก้ตานซาง แก้กระษัย
• แก่น รสฝาดเค็มขมเมา ขับพยาธิ แก้ตานซาง
• ราก รสเมาเบื่อ ฝนกับน้ำข้าวกิน แก้อาเจียน แกเป็นลม หน้ามืด แก้กระษัย แก้ริดสีดวงทวาร แก้พิษตานซาง ขับพยาธิ[6]