ดอกของมะเดื่อชุมพรมีขนาดเล็กเกิดอยู่ภายในช่อดอก (inflorescences) ที่มีลักษณะคล้ายผล ช่อดอกนี้มีชื่อเรียกว่า cyconium หรือ fig เกิดจากการพัฒนาตัวของฐานรองช่อดอก (receptacle) เจริญแผ่โอบหุ้มกลุ่มดอกย่อยทั้งหมดไว้ภายในและมีช่องเปิดด้านบนเรียก ช่องเปิด (ostiole หรือ orifice) ที่ช่องเปิดปกคลุมด้วยกลีบประดับปากช่องเปิด (apical bract) ขนาดเล็กจำนวนมาก (หลายคนเข้าใจว่ากลีบประดับนี้คือกลีบดอก) โคนช่อดอกมีกลีบประดับฐานช่อดอก (basal bract) 3 ใบ