มังคุดเป็นไม้ยืนต้น สูง 10-12 เมตร ทุกส่วนมียางสีเหลือง ใบเดี่ยว เรียงตรงข้าม รูปไข่หรือรูปวงรีแกมขอบขนาน กว้าง 6-11 ซม. ยาว 15-25 ซม. เนื้อใบหนาและค่อนข้างเหนียวคล้ายหนัง หลังใบสีเขียวเข้มเป็นมัน ท้องใบสีอ่อนกว่า ดอกเดี่ยวหรือเป็นคู่ ออกที่ซอกใบใกล้ปลายกิ่ง สมบูรณ์เพศหรือแยกเพศ กลีบเลี้ยงสีเขียวอมเหลืองติดอยู่จนเป็นผล กลีบดอกสีแดง ฉ่ำน้ำ ผลเป็นผลสด ค่อนข้างกลม เปลือกนอกค่อนข้างแข็ง แก่เต็มที่มีสีม่วงแดง ยางสีเหลือง มีเส้นผ่านศูนย์กลาง 4-6 เซนติเมตร เนื้อในมีสีขาวฉ่ำน้ำ อาจมีเมล็ดอยู่ในเนื้อผลได้ ขึ้นอยู่กับขนาดและอายุของผล จำนวนกลีบของเนื้อจะเท่ากับจำนวนกลีบดอกที่อยู่ด้านล่างของเปลือก เส้นผ่านศูนย์กลาง 3-5 เซนติเมตร[2] เมล็ดไม่สามารถใช้รับประทานได้

ส่วนของเนื้อผลที่กินได้ของมังคุดเป็นชั้นเอนโดคาร์ป ซึ่งพัฒนามาจากเปลือกหุ้มเมล็ดเรียกว่า aril มีสีขาว มีกลิ่นหอม[3] สารระเหยได้ส่วนใหญ่คือ hexyl acetate, hexenolและ α-copaene ส่วนล่างสุดของผลที่เป็นแถบสีเข้มที่ติดอยู่เรียงเป็นวงพัฒนามาจากปลายยอดเกสรตัวเมีย (stigma)มีจำนวนเท่ากับจำนวนเมล็ดภายในผล[4] เมล็ดมังคุดเพาะยากและต้องได้รับความชื้นจนกว่าจะงอก เมล็ดมังคุดเกิดจากชั้นนิวเซลลาร์ ไม่ได้มาจากการปฏิสนธิ เมล็ดจะงอกได้ทันทีเมื่อออกจากผลแต่จะตายทันทีที่แห้ง [5]

มังคุดมีพันธุ์พื้นเมืองเพียงพันธุ์เดียว แต่ถ้าปลูกต่างบริเวณกันอาจมีความผันแปรไปได้บ้าง ในประเทศไทยจะพบความแตกต่างได้ระหว่างมังคุดในแถบภาคกลางหรือมังคุดเมืองนนท์ ที่ผลเล็ก ขั้วยาว เปลือกบาง กับมังคุดปักษ์ใต้ที่ผลใหญ่กว่า ขั้วผลสั้น เปลือกหนา[1] ปัจจุบันมีการเพาะปลูกและขายบนเกาะบางเกาะในหมู่เกาะฮาวาย ต้นมังคุดต้องปลูกในสภาพอากาศอบอุ่น หากอุณหภูมิลดลงต่ำกว่า 4 °C จะทำให้ต้นมังคุดตายได้