หนังสือการ์ตูนรายสัปดาห์ในญี่ปุ่นจะตีพิมพ์มังงะหลาย ๆ เรื่องพร้อมกัน โดยแต่ละเรื่องจะมีประมาณ 10 ถึง 40 หน้าต่อฉบับ หนังสือเหล่านี้มักจะตีพิมพ์โดยใช้กระดาษคุณภาพต่ำและมีจำนวนหน้าตั้งแต่ 200 ถึง 850 หน้า นอกจากนี้บางครั้งยังตีพิมพ์การ์ตูนจบในตอนและการ์ตูนสี่ช่อง มังงะเรื่องหนึ่งๆ อาจจะถูกตีพิมพ์อยู่หลายปีถ้าหากได้รับความนิยมสูง นักเขียนการ์ตูนส่วนใหญ่จะเริ่มต้นด้วยการเขียนการ์ตูนจบในตอนก่อนเพื่อสร้างชื่อเสียงให้ตัวเอง ซึ่งถ้าได้รับความนิยมก็จะได้เขียนมังงะเรื่องยาวต่อไป

หลังจากที่มังงะเรื่องหนึ่งๆ ถูกตีพิมพ์ไปได้ระยะหนึ่ง สำนักพิมพ์ก็จะรวบรวมมาตีพิมพ์เป็นหนังสือการ์ตูนรวมเล่ม (ญี่ปุ่น: ทังโคบง) โดยใช้กระดาษคุณภาพสูง เป็นประโยชน์ต่อผู้ที่ต้องการไล่ตามมังงะเรื่องที่กำลังตีพิมพ์อยู่หรือผู้ที่ไม่สะดวกกับการซื้อหนังสือการ์ตูนรายสัปดาห์ มังงะที่มีชื่อเสียงอาจจะถูกรวบรวมตีพิมพ์เป็นหนังสือการ์ตูน "ฉบับพิเศษ" ซึ่งอาจมีปกแข็ง พิมพ์ด้วยหมึกสามสี หรือมีจำนวนตอนมากกว่าหนังสือการ์ตูนรวมเล่มทั่วไป โดยมีนักสะสมเป็นกลุ่มเป้าหมาย นอกจากนี้มังงะเก่าๆ ยังถูกนำมาตีพิมพ์ใหม่ด้วยกระดาษคุณภาพต่ำลงและจำหน่ายในราคาเล่มละประมาณ 100 เยนเพื่อแข่งกับมังงะมือสอง

มังงะโดยหลักแล้วจะแบ่งออกเป็นประเภทตามเพศและอายุของกลุ่มเป้าหมาย กล่าวคือหนังสือการ์ตูนสำหรับเด็กผู้ชาย (โชเน็น) และสำหรับเด็กผู้หญิง (โชโจะ) จะมีรูปหน้าปกต่างกันอย่างเห็นได้ชัดและไม่วางขายบนชั้นหนังสือเดียวกัน

นักเขียนการ์ตูนบางคนจะเพิ่มหน้าพิเศษเรียกว่า โอมาเกะ (แปลตรงตัวว่า "ของแถม") ลงในหนังสือการ์ตูนรวมเล่ม โอมาเกะมักจะเล่าการออกแบบตัวละครและฉาก มีภาพร่างมังงะ หรือไม่ก็เป็นมังงะหรือข้อเขียนอีกเรื่องที่ไม่เกี่ยวกับมังงะในเล่มเลย

โดจินชิคือมังงะที่ตีพิมพ์อย่างไม่เป็นทางการโดยผู้ติดตามมังงะ โดจินชิส่วนมากจะเขียนขึ้นโดยนำตัวละครและเนื้อเรื่องจากมังงะที่วางขายอยู่ในตลาดมาแต่งเติม หรือไม่ก็เขียนเนื้อเรื่องขึ้นมาใหม่แต่ยังใช้ตัวละครเดิมอยู่ ปัจจุบันในญี่ปุ่นมีบริษัทรวบรวมโดจินชิของมังงะ อนิเมะ หรือเกมที่มีชื่อเสียงมาตีพิมพ์เป็นหนังสือการ์ตูน และมีร้านการ์ตูนจำนวนหนึ่งที่ขายแต่โดจินชิ คอมิเก็ตเป็นเทศกาลขายตรงโดจินชิขนาดใหญ่ที่จัดขึ้นปีละสองครั้ง โดยมีศิลปินเข้าร่วมงานถึงกว่า 10,000 กลุ่มและมีผู้เข้าชมงานแต่ละครั้งไม่ต่ำกว่า 400,000 คน