ในยุคเอโดะ พื้นที่บริเวณมัตสึดะในปัจจุบันเป็นส่วนหนึ่งของแคว้นศักดินาโอดาวาระที่อยู่ภายในแคว้นซางามิ หลังจากการฟื้นฟูเมจิ พื้นที่นี้ได้กลายเป็นส่วนหนึ่งของอำเภออาชิงารากามิในจังหวัดคานางาวะ เมื่อวันที่ 1 เมษายน 1889 อำเภออาชิงารากามิได้แบ่งการปกครองออกเป็นหลายหมู่บ้าน รวมทั้งหมู่บ้านยาโดริกิ และมัตสึดะ หลังจากที่มีการเปิดสถานีรถไฟมัตสึดะในปีเดียวกัน ทำให้มัตสึดะเติบโตขึ้น และได้รับการยกฐานะเป็นเมืองเมื่อวันที่ 1 เมษายน 1909 สถานีรถไฟชิมมัตสึดะเปิดให้บริการในปี 1927 เมื่อวันที่ 1 เมษายน 1955 ยาโดริกิได้รวมเข้ากับมัตสึดะ และมีการประกาศใช้กฎบัตรเมืองใหม่ในปี 1989 ซึ่งนำไปสู่ "มัตสึดะแพลน" (Matsuda Plan 21) ในปี 2001