พื้นที่ในสมัยก่อนที่ประกอบเป็นมานาซูรุในปัจจุบันนั้นเป็นส่วนหนึ่งของแคว้นซางามิ ภายใต้การควบคุมของตระกูลโฮโจยุคหลังในยุคเซ็งโงกุ และเป็นส่วนหนึ่งของแคว้นศักดินาโอดาวาระในยุคเอโดะ ในช่วงเวลานี้มานาซูรุเป็นที่ขึ้นชื่อในเรื่องหินคุณภาพสูงสำหรับการก่อสร้าง หลังจากการฟื้นฟูเมจิ มานาซูรุได้รับการจัดตั้งเป็นหมู่บ้านในปี 1889 ต่อมาเมื่อวันที่ 1 ตุลาคม 1927 หมู่บ้านมานาซูรุได้รับการยกฐานะเป็นเมือง เมื่อวันที่ 30 กันยายน 1956 ได้มีการรวมหมู่บ้านอิวะที่อยู่ติดกันเข้าเป็นส่วนหนึ่งของเมืองมานาซูรู ข้อเสนอในการรวมเมืองมานาซูรุเข้ากับเมืองยูงาวาระที่อยู่ติดกันได้รับการต่อต้านอย่างท่วมท้นจากการลงประชามติของพลเมืองในปี 2005