นายมานิต นพอมรบดี เป็นแกนนำพรรคภูมิใจไทยคนหนึ่งที่ได้รับตำแหน่งรัฐมนตรีในรัฐบาลของนายอภิสิทธิ์ เวชชาชึวะ ในตำแหน่ง รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงสาธารณสุข [2] ซึ่งต่อมาได้มีการแต่งตั้งคณะกรรมการตรวจสอบความไม่โปร่งใสในการใช้งบประมาณโครงการไทยเข้มแข็ง ในกระทรวงสาธารณสุข ที่มี นายแพทย์บรรลุ ศิริพานิช เป็นประธาน และมีการสรุปผลการตรวจสอบว่า เกิดความไม่โปร่งใสในการบริหารงบประมาณตามโครงการดังกล่าว เป็นสาเหตุให้นายวิทยา แก้วภารดัย รัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุข ประกาศลาออกเพื่อแสดงความรับผิดชอบ ทำให้กระแสจากฝ่ายต่างๆ รวมถึงนายกรัฐมนตรีต้องการให้นายมานิต ลาออกด้วยเช่นกัน[3]

เมื่อวันที่ 10 มกราคม พ.ศ. 2553 นายมานิต นพอมรบดี แถลงข่าวลาออกจาตำแหน่งรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงสาธารณสุข และแสดงความบริสุทธิ์ใจว่าไม่ได้มีการทุจริตตามที่ถูกกล่าวหา[4]