พระนางมารี โซฟีและพระเจ้าเฟรเดอริคมีพระโอรส-ธิดารวมกัน 8 พระองค์แต่ 6 พระองค์สิ้นพระชนม์ตั้งแต่ทรงพระเยาว์ ทำให้ทรงเหลือพระธิดา 2 พระองค์ที่ดำรงพระชนม์ชีพจนสูงพระชันษา เนื่องจากทรงไม่มีพระโอรสที่ยังดำรงพระชนม์ชีพ ทำให้เมื่อพระเจ้าเฟรเดอริคสิ้นพระชนม์ ราชบัลลังก์จึงไปได้แก่พระญาติซึ่งครองราชย์เป็น พระเจ้าคริสเตียนที่ 8 แห่งเดนมาร์ก พระโอรส-ธิดาของพระนางได้แก่

พระราชินีมารี โซฟีทรงไม่มีพระโอรสและพระราชนัดดาสายตรงเลย ในขณะที่เจ้าหญิงหลุยส์ แคโรไลน์แห่งเฮสส์-คาสเซิลพระขนิษฐาองค์สุดท้องของพระนางทรงมีทายาทมากมายและยังทรงพระเยาว์มาก พระราชินีมารีจึงทรงรับไว้อุปการะโดยทรงให้การศึกษาตามแบบราชวงศ์ เนื่องจากพระนัดดาที่ทรงรับอุปการะยังทรงพระเยาว์กว่าพระราชธิดาทั้งสองของพระนางมารีมาก ทำให้บางพระองค์ทรงคิดว่าพระราชินีซึ่งเป็นพระมาตุจฉาคือพระอัยยิกาของพระองค์ ซึ่งหนึ่งในพระราชนัดดาที่ทรงรับเลี้ยงคือ เจ้าชายคริสเตียนแห่งไลค์สเบอร์ก ซึ่งต่อมาคือ พระเจ้าคริสเตียนที่ 9 แห่งเดนมาร์ก

เจ้าชายคริสเตียนแห่งไลค์สเบอร์กและเจ้าหญิงหลุยส์แห่งเฮสส์พระชายา ทรงตั้งพระนามพระธิดาพระองค์หนึ่งว่า มารี โซฟี เฟรเดอริเก แด็กมาร์แห่งไลค์สเบอร์ก ตามพระนามของพระราชินีมารี โซฟี และต่อมาพระธิดาพระองค์นี้ทรงเป็น จักรพรรดินีมารีเยีย เฟโอโดรอฟนาแห่งรัสเซีย พระมเหสีในจักรพรรดิอะเลคซันดร์ที่ 3 แห่งรัสเซีย