ตรงข้ามกับน้องชายของเธอ (ว็อล์ฟกัง) ซึ่งทะเลาะวิวาทกับเลโอพ็อลท์ผู้เป็นบิดาอย่างรุนแรง เขาล้มเลิกปณิธานที่จะเอาดีในสายงานด้านดนตรี และเลือกที่จะมีคู่ครอง ในขณะที่มารีอายังคงใช้ชีวิตส่วนใหญ่อาศัยอยู่ภายใต้บังคับบัญชาของบิดา เธอตกหลุมรักฟรันทซ์ ดิพพ็อลท์ (Franz d'Ippold) ผู้เป็นกัปตันและครูสอนพิเศษตัวต่อตัวของเธอ แต่ความรักของเธอไม่สามารถดำเนินต่อไปได้ เมื่อบิดากดดันให้ล้มเลิกแผนแต่งงาน ว็อล์ฟกังพยายามช่วยพี่สาวให้ได้ในสิ่งที่เธอปรารถนา แต่ความพยายามของเขากลับล้มเหลว[2]

ในที่สุด มารีอาจำใจแต่งงานกับผู้พิพากษานามว่า โยฮัน บัพทิสท์ ฟรันทซ์ ฟ็อน แบร์ชท็อลท์ ซู ซ็อนเนินบวร์ค (Johann Baptist Franz von Berchtold zu Sonnenburg) (23 สิงหาคม ค.ศ. 1783)[3] และอาศัยอยู่กับเขาในซังคท์กิลเกิน หมู่บ้านแห่งหนึ่งในประเทศออสเตรีย ห่างจากบ้านตระกูลโมทซาร์ทที่ซาลซ์บูร์กไปทางทิศตะวันออกประมาณ 29 กิโลเมตร[4] แบร์ชท็อลท์สามีของเธอเป็นพ่อม่ายที่ผ่านการแต่งงานมาแล้วถึงสองครั้ง[5] และเขามีบุตรติดมาจากภรรยาเก่าสองคนก่อนถึงห้าคน ซึ่งมารีอาต้องคอยดูแลตลอดเวลา ในที่สุดมารีอาก็ตั้งครรภ์ เธอมีลูกกับเขาทั้งหมดสามคน ได้แก่ เลโอพ็อลท์ อาล็อยส์ พันทาเลอ็อน (ค.ศ. 1785–1840), ฌันเน็ท (ค.ศ. 1789–1805) และมารีอา บาเบ็ทเทอ (ค.ศ. 1790–1791)