หลังการสิ้นพระชนม์ของหลุยส์ในครูเสดครั้งที่สองของพระองค์ใน ค.ศ.1270[3] ในช่วงที่มาร์การ์เร็ตยังคงอยู่ในฝรั่งเศส พระองค์กลับไปพรอว็องส์ มาร์การิดาเป็นบุคคลที่เคลื่อนไหวทางการเมืองมากขึ้นหลังการสิ้นพระชนม์[3] เอ็มเมอร์สันเขียนว่าพระองค์รีบเร่งเป็นพิเศษในการตั้งกองทหารขึ้นมาปกป้องสิทธิ์ของพระองค์ในพรอว็องส์ ที่ซึ่งพระอนุชาของพระสวามีของพระองค์ ชาร์ลแห่งอ็องฌู ยังคงรักษาอำนาจทางการเมืองและการควบคุมดินแดนไว้ได้หลังการสิ้นพระชนม์ของพระมเหสี ขัดกับความตั้งใจของเคานต์คนก่อนที่ตายใน ค.ศ.1245[3] พระองค์ซื่อสัตย์ต่อพระขนิษฐา พระราชินีเอเลนอร์แห่งอังกฤษ และทั้งคู่ยังคงติดต่อกันจนกระทั่งเอเลนอร์สิ้นพระชนม์ใน ค.ศ.1291 ปีท้ายๆของพระองค์ถูกใช้ไปกับการทำงานในทางศาสนา รวมไปถึงการก่อตั้งสำนักชีนิกายฟรานซิสกันแห่งลูร์ซินส์ใน ค.ศ.1289[3] ตัวมาร์การิดาเองสิ้นพระชนม์ในปารีส ที่อารามพัวร์แคลร์ที่พระองค์ได้ก่อตั้ง[10] เมื่อ 20 ธันวาคม ค.ศ.1295 ด้วยพระชนมายุ 74 ชันษา พระองค์ถูกฝังอยู่ใกล้ๆ (แต่ไม่ได้ติดกัน) กับพระสวามีในบาซิลิกาแห่งแซ็งต์เดอนีส์นอกปารีส