มาร์ทีน ไฮเด็กเกอร์ เป็นบุตรของนายฟรีดริช ไฮเด็กเกอร์ และนางโยฮันนา เค็มพฟ์ เขาเติบโนในบรรยากาศที่มีศรัทธาต่อศาสนาคริสต์คาทอลิกอย่างเต็มที่ และคลุกคลีอยู่กับบรรยากาศของโบสถ์ ต่อมาใน ค.ศ. 1903 เขาสมัครเข้าสถานอบรมบาทหลวงของอัครมุขมณฑลไฟรบวร์ค และเข้าเรียนชั้นมัธยมศึกษาในโรงเรียนของสังฆมณฑล ต่อมาใน ค.ศ. 1909 จึงเข้าฝึกเป็นเยสุอิตและเรียนปรัชญาและเทววิทยาที่มหาวิทยาลัยไฟรบวร์ค

ใน ค.ศ. 1911 เขาลาออกจากคณะเยสุอิต และศึกษาคณิตศาสตร์ วิทยาศาสตร์ และประวัติศาสตร์ที่มหาวิทยาลัยเดิม ในที่สุดก็เปลี่ยนใจมาทำปริญญาทางปรัชญา และจบการศึกษาดุษฎีบัณฑิตสาขาปรัชญาใน ค.ศ. 1913 ภายหลังเข้าร่วมรบในสงครามโลกครั้งที่หนึ่งระหว่าง ค.ศ. 1917–1919 เขาก็กลับมาสอนวิชาปรัชญาที่มหาวิทยาลัยไฟรบวร์ค และได้เป็นผู้ช่วยของเอ็ทมุนท์ ฮุสเซิร์ล จนถึง ค.ศ. 1923 ไฮเด็กเกอร์ออกหนังสือชื่อว่า ภาวะและเวลา ต่อมาใน ค.ศ. 1928 เขาได้ตำแหน่งศาสตราจารย์แทนที่ฮุสเซิร์ลซึ่งเกษียณอายุ

หลังฮิตเลอร์เถลิงอำนาจใน ค.ศ. 1933 ไฮเด็กเกอร์รับตำแหน่งอธิการบดีมหาวิทยาลัยไฟรบวร์ค และเข้าเป็นสมาชิกพรรคนาซี เขากล่าวออกวิทยุสนับสนุนให้เยอรมนีออกจากองค์การสันนิบาตชาติ สร้างความไม่พอใจแก่เพื่อน ๆ อาจารย์ เขาดำรงตำแหน่งอธิการบดีได้หนึ่งปีเต็มก็ลาออกจากตำแหน่งโดยยังคงเป็นอาจารย์อยู่ ใน ค.ศ. 1944 ไฮเด็กเกอร์ถูกเกณฑ์เข้าร่วมสงครามโลกครั้งที่สองโดยมีหน้าที่ขุดสนามเพลาะให้กองทัพเยอรมัน เมื่อเยอรมนีแพ้สงคราม เขาถูกห้ามสอนและใช้ชีวิตอยู่ชานเมืองไฟรบวร์ค ในช่วงนี้เขามีเวลาว่างในการคิดและเขียนหนังสือออกมามาก